西南醫科大學藥學教育始于20世紀五十年代，目前開設有藥學、中藥學、臨床藥學三個本科專業。2006年獲批碩士學位授權點，與澳門科技大學、泰國清邁大學聯合培養藥學博士。在校本科生1100余人，研究生200余人，是中國西南地區重要的藥學人才培養、科學研究與轉化應用基地。

　　現有教職工100余人，其中高級職稱50余人、研究生導師40余人、有境外留學經歷教師20余人，有國際、國內知名藥學專家10余人，有博士學位57人。

　　開設有藥理學、藥物化學、藥物分析、藥劑學、藥事管理學、臨床藥物治療學、生藥學、生物技術制藥、生物藥劑學與藥代動力學等20余門主干課程。

　　與20余家大型醫院、知名制藥企業共建有實踐教學基地，為制藥企業、科研院所、醫療機構培養從事藥品開發、生產與質量控制、藥品流通與藥物使用等的專門人才。畢業生就業率近100%。

　　擁有2個省級高校重點實驗室，實驗室面積5000 M2，有超高效液相色譜串聯質譜、核磁共振儀、氣相色譜-質譜儀等教學科研儀器設備。開展腫瘤個性化免疫治療、藥物緩控釋及靶向制劑關鍵技術創新與應用、腫瘤靶向給藥系統的構建、天然藥物活性物質生物活性研究、臨床藥物個體化治療等特色研究方向。目前正在修建13000 M2的藥學大樓和轉化醫藥中心。

　　學院重視對外交流與合作，先后與美國、加拿大、澳大利亞、德國、新加坡、馬來西亞、泰國等院校建立友好關系。舉辦“2018年腫瘤與炎癥國際論壇”會議。年均承擔科研課題30余項，年均科研經費1000萬元，年均發表SCI論文60余篇。申請和授權發明專利近30項，先后獲華夏醫學科技進步獎、四川省科技進步獎等多項榮譽。