長春中醫藥大學基礎醫學院原為長春中醫學院中醫系，始建于1958年，于1993年院系合一更名為基礎教學部，2006年更名為基礎醫學院。目前在長春中醫藥大學辦學方針的指導下，基礎醫學院以教學為中心，科研為動力，相互促進，不斷發展，成為長春中醫藥大學一個學科門類齊全，專業設置基本合理，教學、科研同步發展的基礎醫學教育、基礎醫學科學研究的重要基地。幾十年來，基礎醫學院為高層次、高素質醫學人才的培養做出了突出貢獻。

　　基礎醫學院現有在編教職工57人，其中教授18人，副教授14人，講師以下職稱25人。博士生導師5人，碩士生導師22人。具有碩士以上學歷者48人，其中博士29人，碩士19人。

　　基礎醫學院現有教研室9個，分別為：中醫基礎理論教研室、中醫診斷教研室、中藥教研室、方劑教研室、內經教研室、傷寒教研室、溫病教研室、金匱教研室、中醫醫史文獻教研室。

　　基礎醫學院現有省級重點學科1個（中醫基礎理論學科），吉林省中醫藥管理局重點學科2個（中醫基礎理論學科、中醫醫史文獻學科）。具有碩士學位授予權的學科5個，各學科均已經形成了穩定且有特色的研究方向。2004年以來承擔各級科研課題累計90項，其中，科研成果及獲獎8項。

　　基礎醫學院現有國家級精品課程1門，省級精品課程6門，校級精品課13門，省級優秀課程13門，校級優秀課程2門。負責承擔著學校本科生各專業中醫、西醫基礎課46門課程。主持國家級教學研究課題3項，省級及各級教學研究課題48項，獲吉林省優秀教學成果一等獎2項，二等獎2項，省級教育技術成果三等獎2項。