上海中醫藥大學基礎醫學院（基礎理論研究所）是院所合一的二級學院。其前身為上海中醫學院基礎部，于1996年10月改稱為基礎醫學院。

　　學院承擔全校各專業本科生、研究生的前期中、西醫基礎課程的教學任務。學院下設15個教研室、3個研究室、1個實驗研究中心，轄屬5個二級學科。學院在編教職員工160名。具有研究生學歷者144 名（占86.0％），正高26名、副高44名，終身教授3人。

　　學院管理的在校學生近千名，其中碩士生、博士生近200名。學院設有2個博士后流動站，5個博士點，5個碩士點。國家中醫藥管理局重點學科4個。在上海市一流學科建設的基礎上，學院中醫學相關二級學科、中西醫結合基礎又成為上海高校高峰高原學科建設的主要力量。

　　學院目前承擔各級別課題116項，其中國家自然基金項目28項，國家基礎科學人才培養基金項目及條件支撐項目1項，在研科研經費達2194.5萬元。近五年來，學院先后主編或副主編國家“十三五”規劃教材34本，擁有國家級精品課程和資源共享課3門（實驗中醫學、內經選讀、中醫診斷學），市級精品課程8門（實驗中醫學、內經選讀、中醫診斷學、方劑學、傷寒論、中醫基礎理論、腧穴解剖學、生物化學）。

　　學院是全國理科基礎學科研究和教學人才培訓基地，該基地的教學團隊獲批國家級教學團隊，被評為上海市教育系統“優秀集體”。率先探索專業課程德育思政路徑，成為全國首批高等學校醫學人文素質教育基地。積極探索中醫學經典特色傳承的人才培養模式，獲得上海市教學成果“一等獎”。