上海中醫(yī)藥大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院（基礎(chǔ)理論研究所）是院所合一的二級(jí)學(xué)院。其前身為上海中醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)部，于1996年10月改稱為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。

　　學(xué)院承擔(dān)全校各專業(yè)本科生、研究生的前期中、西醫(yī)基礎(chǔ)課程的教學(xué)任務(wù)。學(xué)院下設(shè)15個(gè)教研室、3個(gè)研究室、1個(gè)實(shí)驗(yàn)研究中心，轄屬5個(gè)二級(jí)學(xué)科。學(xué)院在編教職員工160名。具有研究生學(xué)歷者144 名（占86.0％），正高26名、副高44名，終身教授3人。

　　學(xué)院管理的在校學(xué)生近千名，其中碩士生、博士生近200名。學(xué)院設(shè)有2個(gè)博士后流動(dòng)站，5個(gè)博士點(diǎn)，5個(gè)碩士點(diǎn)。國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科4個(gè)。在上海市一流學(xué)科建設(shè)的基礎(chǔ)上，學(xué)院中醫(yī)學(xué)相關(guān)二級(jí)學(xué)科、中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)又成為上海高校高峰高原學(xué)科建設(shè)的主要力量。

　　學(xué)院目前承擔(dān)各級(jí)別課題116項(xiàng)，其中國(guó)家自然基金項(xiàng)目28項(xiàng)，國(guó)家基礎(chǔ)科學(xué)人才培養(yǎng)基金項(xiàng)目及條件支撐項(xiàng)目1項(xiàng)，在研科研經(jīng)費(fèi)達(dá)2194.5萬(wàn)元。近五年來(lái)，學(xué)院先后主編或副主編國(guó)家“十三五”規(guī)劃教材34本，擁有國(guó)家級(jí)精品課程和資源共享課3門（實(shí)驗(yàn)中醫(yī)學(xué)、內(nèi)經(jīng)選讀、中醫(yī)診斷學(xué)），市級(jí)精品課程8門（實(shí)驗(yàn)中醫(yī)學(xué)、內(nèi)經(jīng)選讀、中醫(yī)診斷學(xué)、方劑學(xué)、傷寒論、中醫(yī)基礎(chǔ)理論、腧穴解剖學(xué)、生物化學(xué)）。

　　學(xué)院是全國(guó)理科基礎(chǔ)學(xué)科研究和教學(xué)人才培訓(xùn)基地，該基地的教學(xué)團(tuán)隊(duì)獲批國(guó)家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)，被評(píng)為上海市教育系統(tǒng)“優(yōu)秀集體”。率先探索專業(yè)課程德育思政路徑，成為全國(guó)首批高等學(xué)校醫(yī)學(xué)人文素質(zhì)教育基地。積極探索中醫(yī)學(xué)經(jīng)典特色傳承的人才培養(yǎng)模式，獲得上海市教學(xué)成果“一等獎(jiǎng)”。