南通大學藥學院由原醫學院藥理學系和藥學系組建而成，藥理學系的前身源于1938年國立江蘇醫學院藥理學教研組，1952年開始培養臨床醫學本科生，1984年開始培養碩士研究生，2005年獲批招收藥學專業本科生，2010年獲批成為藥學一級學科碩士學位授權點。近十年來，藥學院在藥理學龍頭優勢學科的引領下，借助于飛速發展的蘇中經濟與高度發達的江蘇醫藥行業，現已建成為國內高素質優秀藥學人才的培養基地。

　　學院設有5個系和1個藥學實驗中心，分別是基礎藥理系、臨床藥理系、藥物化學系、藥物制劑系和天然藥物系。藥學實驗中心下設本科教學實驗室、江蘇省炎癥與分子藥靶重點實驗室、南通市生物醫藥研究重點實驗室、南通大學藥物研究所等教學與科研實驗基地，實驗室環境與設施達到國內領先水平。

　　藥學院現有藥學和藥物制劑學2個本科專業。目前學院有全日制在校本科生589人，碩士研究生90人。藥學學科為南通大學博士學位授權培育學科和江蘇省重點培育學科；藥學學科為我院一級碩士學位授權學科（涵蓋臨床藥學、藥理學、藥劑學、藥物化學、藥物分析、微生物與生物技術藥學、生藥學及社會與管理藥學8個二級學科）。

　　學院具有一支素質優良、作風嚴謹的師資隊伍。現有專任教59人，其中江蘇省特聘教授7人，南通大學特聘教授12人，具有博士學歷學位專任教師57人（占專任教師97%），具有海外學術背景的專任教師40人（國際化67%）；專任教師中現有教授/研究員15人，副教授26人，其中博士生導師8人，碩士生導師49人，已形成了一支結構合理的教師隊伍和高層次的學術研究梯隊。