南京中醫藥大學第一臨床醫學院是以中醫臨床學科為主體的集教學、科研和臨床醫療為一體的教學單位。

　　學院原名南京中醫學院中醫系，成立于1958年。1984年由原中醫系中醫臨床教研室和原西基部西醫臨床教研室重組成新的中醫系，1995年更名為南京中醫藥大學第一臨床醫學院，2001年將原中醫研究院急難癥研究室并入，又稱為臨床醫學研究所，2011年4月起與南京中醫藥大學附屬醫院（江蘇省中醫院）融合，實施醫教研一體化管理。

　　 學院設有中醫內科學教研室、中醫外科學教研室、中醫婦科學教研室、中醫兒科學教研室、中醫骨傷科學教研室、中醫眼科學教研室、中醫耳鼻喉科學教研室、內科學教研室、外科學教研室、診斷學教研室、醫學影像學教研室、眼視光學教研室、全科醫學教研室、教學實驗中心、臨床醫學實驗研究中心、中醫內科學研究所、中醫兒科學研究所、中醫骨傷科學研究所、中醫藥抗腫瘤研究所、中醫急難癥研究所(內科難治病瘀熱病機重點研究室、周仲瑛名醫工作室)、名醫驗方研究中心、臨床教學研究室等。

　　 學院師資力量雄厚，隊伍結構合理，現有教授、研究員70人，副教授、副研究員78人。國醫大師4名，國家教學名師1名，江蘇省特聘教授1名，省級教學名師1名。博士生導師77人，碩士生導師189名。有中醫內科學、中醫外科學、中醫婦科學、中醫兒科學、中醫骨傷科學、中醫五官科學和中西醫結合臨床碩博士學位點，2010年新增全科醫學碩士學位點，有中醫學和中西醫結合博士后科研流動站。博士、碩士點覆蓋所有中醫臨床二級學科。學院現有中醫學五年制、中醫學八年制、中醫學九年制、眼視光學等專業。中醫學專業為國家特色專業和江蘇省品牌專業，教學實驗中心是國家和省級教學實驗示范中心，中醫兒科學和中醫內科學為國家優秀教學團隊，《中醫兒科學》和《中醫內科學》課程為國家精品課程。2015年以優異成績通過教育部中醫學專業論證和本科教學審核評估。

　　 學院重視重點學科建設，有中醫學（一級學科）、中醫內科學、中醫外科學、中醫婦科學、中醫兒科學、中醫眼科學、中醫全科醫學、中醫骨傷科學等各級重點學科。其中國家級重點學科1個，國家重點（培育）學科2個，江蘇高校優勢學科2個，江蘇省重點學科4個，國家中醫藥管理局重點學科14個，江蘇省中醫藥局重點學科1個，校級重點學科2個。國家重點學科中醫兒科學在全國處于領先水平，中醫內科學、中醫婦科學、中醫外科學、中醫骨傷科學處于全國中醫院校同類學科的前列。學院有江蘇高校協同創新中心1個、江蘇省工程實驗室3個、江蘇省高校重點實驗室1個、校，江蘇省高等學校優秀科技創新團隊1個。

　　 第一臨床醫學院將按“有所為，有所不為”的建設發展方針，凝煉方向，突出重點，優化結構，培育特色，重在創新。確立以育人為中心，教學、科研為主體的工作總目標，保證學院各項事業和諧、健康、可持續發展。進一步加強師資隊伍建設，建立一支數量相當、結構合理、素質優良、相對穩定的教師隊伍；圍繞培養優質的能夠適應市場需求的中醫藥高級人才，加強專業、教材建設，優化課程設置，改進教學方法，強化實驗室及教學輔助設施建設；以重點學科建設為籠頭，加強科學研究，提升學院的整體競爭力，促進醫、教、研三位一體的協同發展。