人工智能與信息技術學院的前身是南京中醫學院“中醫計算機應用研究中心”，成立于1985年，該中心的主要工作是計算機在中醫藥領域的應用研究和計算機基礎課教學，先后研制了《費久治醫師針灸減肥專家系統》、《邱茂良教授針灸診療專家系統》等系列專家診療系統并分別獲科技進步獎及優秀軟件獎等，為中醫藥事業的發展做出了積極的貢獻。2003年，為了適應學校創辦國際著名、國內一流大學的目標，同時也為了適應社會主義市場經濟發展對人才的需求，拓寬人才培養的途徑，培養社會需要的交叉學科綜合型人才，實現以中醫藥為主體、多學科為支撐協調發展的辦學目標，學校正式成立信息技術學院。2019年6月，為了加強現代信息技術對醫藥類主干學科的支撐融合，發展人工智能、智能醫學和醫學信息工程與技術，學院更名為人工智能與信息技術學院。

　　學院下設計算機科學與技術教研室、軟件工程教研室、醫學信息工程教研室、人工智能教研室、計算機公共基礎教研室、數學教研室、物理教研室等7個教研室，以及“信息技術實驗中心”和“醫藥信息技術實踐教育中心”2個省級實驗教學示范中心，承擔計算機專業類課程、全校信息技術基礎課程和計算機相關課程、以及數學、物理等課程的教學任務。現有教職工62人，其中教授或研究員4人、副教授或副高職稱19人；具有博士學位22人，博士在讀7人；博士生導師1人，碩士生導師6人；江蘇省有突出貢獻中青年專家1人、江蘇省高校“青藍工程”科技創新團隊1個、江蘇省“333工程”中青年科學技術帶頭人2人、江蘇省“六大人才高峰”高層次人才4人、江蘇省高校“青藍工程”優秀青年骨干教師2人；青年教師中有近20人赴澳大利亞西悉尼大學、斯威本科技大學、美國弗吉尼亞大學等高校進行課程培訓和學術交流。近3年學院專任教師主持國家自然科學基金項目7項、國家重點研發計劃子課題3項，省部級項目20多項，獲山東省科學技術進步獎、全國商業科技進步一等獎、全國高校微課教學比賽三等獎等教學科研成果獎20多項。

　　學院設有“計算機科學與技術”、“軟件工程”、“醫學信息工程”、“人工智能”4個本科專業和“計算機科學與技術（嵌入式培養）”1個本科專業方向，以及“軟件工程”一級學科碩士點、“中醫藥信息學”自主設置二級學科博碩士點，在校學生700多人。擁有“計算機科學與技術”校級重點學科、“軟件工程”校級重點培育學科，與文獻所共建“中醫藥信息學”國家中醫藥管理局重點學科。學院注重引進和利用國內外優秀教學資源辦學，2007年起與澳大利亞斯威本科技大學合作，聯合培養計算機科學與技術專業本科生，2015年與達內軟件聯合培養計算機科學與技術Java與大數據嵌入式培養方向本科生。

　　學院擁有“信息技術教學實驗中心”和“醫藥信息技術實踐教育中心”2個江蘇省高等學校實驗教學與實踐教育中心。其中“信息技術教學實驗中心”于2008年通過“江蘇省基礎課教學實驗示范中心”驗收，并于2012年11月獲準成為江蘇省高等學校實驗教學與實踐教育中心。“醫藥信息技術實踐教育中心”2015年6月獲準立項江蘇省高等學校實驗教學與實踐教育中心建設點。教學實驗中心總面積為2800M2，設有計算機公共基礎、軟件工程、軟件技術、數據庫、計算機網絡、醫學信息、電子技術、微機接口、嵌入式系統、計算機組成與結構等22個計算機專業教學實驗室，以及5個大學生創新實驗室，可同時容納1000多名學生進行實驗教學。承擔了計算機類實驗課程教學、開放性實驗、畢業設計、全校計算機相關實驗教學課程、醫學實習的網上考試、社會服務及全校各類培訓和全國及省計算機等級考試等實驗教學、考試及培訓等工作。實驗室現有各類儀器設備總值達900多萬元，滿足了實驗教學和師生的科研需要。學院目前已與10多家軟件企業建立了實習基地，同時依托學校所建立的江蘇省中醫院等50多家附屬醫院和臨床實習醫院，為本科生的教學實踐和畢業實習提供了廣闊的實習實踐平臺。