南京中醫藥大學衛生經濟管理學院始建于1995年，由原南京中醫藥大學社會科學部增設醫藥管理系而來，2000年正式更名為南京中醫藥大學經貿管理學院，2006年，原含其中的社會科學部“兩課”及心理學教學機構脫離另行成立了人文社會科學學院。2016年4月起更為現名。

　　自建院以來，衛生經濟管理學院秉承了南中醫悠久的校園文化，質樸的校風學風以及深邃的學術思想，順應中國經濟社會與醫藥行業發展的潮流，開拓中醫藥院校多學科為支撐協調發展的教育新格局，積極探索養成學生科學精神與人文素養的綜合素質基礎以及中外合作辦學、校企合作辦學、政學合作等多種新型高等教育辦學模式，為社會培養和輸送了一大批優秀專業人才。

　　學院目前共設有公共管理、經濟貿易、信息管理、工商管理、電子商務、藥事管理與法律、健康管理與醫療保障等7個系，國際貿易等17個教研室，1個實驗中心，3個辦公室，4個掛靠研究機構。有獨立的教學實驗室面積400平米，能同時容納230人進行實驗操作。設在學院的省局共建中醫藥發展與政策研究中心是國家中醫藥局中醫藥政策法規的重要智庫研究基地。

　　學院擁有一支以中青年教師為骨干力量，高素質、高學歷的富有活力的教師隊伍。現有教職工80人，其中專職教師64人；教師中教授、副教授共28人（教授6人，副教授22人）；獲得博士學位和在讀博士數46人；有3人獲得江蘇省“333工程”培養對象稱號，13人次獲得江蘇省“青藍工程”培養對象稱號，1人被授予霍英東教育基金會青年教師獎，4人獲得先聲先進教師獎。

　　學院致力于培養現代國際型、應用型、復合型的高素質人才。以中醫藥學科為支撐，形成行業定位和專業特色；以現代經濟、管理和法學理論為基礎，構建學生的專業核心能力；以與政府、企業合作為平臺，強化學生的實踐創新精神、職業化能力；與國內外知名大學合作，在國際范圍內進行師資人才資源的優化組合配置，實現人才資源共享，拓展學生的國際化視野。學院倡導“誠信、樸實、自強、奮進”的學風，不斷加強內涵建設，改革教育模式和方法，以學科建設為龍頭，帶動專業建設和課程建設，（專業設置）現設有公共管理1個碩士學位點學,有國際經濟與貿易、公共事業管理、電子商務、市場營銷、信息管理與信息系統、藥事管理、勞動與社會保障、健康服務與管理等8個本科專業和公共管理1個碩士學位點；1個省級重點建設專業類、2個省特色專業、4個省一流本科專業、1個江蘇高校中外合作辦學示范項目，2個校級重點學科，1個省級人才培養創新實驗區、1個省部共建實驗室。現擁有在校本科生1646余人，在校碩、博士生70余人。