京中醫藥大學第二臨床醫學院/針灸推拿學院由建校之初的針灸學科點發展而來。1955年，在我校第一任校長、全國中醫學界首位中科院學部委員、針灸現代教育創始人承淡安先生的帶領下，創立了針灸學學科點。在邱茂良等老一輩針灸學家的傾力建設下，于1982年成立針灸系，在此基礎上發展成為第二臨床醫學院/針灸推拿學院。學院是以培養針灸推拿、康復、中醫養生、食品衛生與營養等中醫藥健康服務人才為特色的學院，目前學院本部有教職工94名，其中專任教師73名（正高職稱12人，副高職稱22人）。專業技術人員中，中級及以下職稱人員全部具有碩/博士學位。各學科有博士生導師16人，碩士生導師39人。目前有國家中醫藥管理局重點學科3個、江蘇省重點學科1個，江蘇省中醫藥重點學科1個，教育部針藥結合重點實驗室、江蘇省人民政府和國家中醫藥管理局健康養生研究中心，江蘇省中醫藥健康養生技術工程實驗室、南京市中醫藥健康養生工程技術研究中心、江蘇省教學實驗中心等學科平臺。目前在校本科生1291人，研究生90人（其中碩士研究生72人，博士研究生18人）。