藥學(xué)院始建于1960年，其前身為南京中醫(yī)學(xué)院中藥系，是全國(guó)創(chuàng)建最早的中藥高等教育院（系）之一，學(xué)院秉承“尚德務(wù)實(shí)、精誠(chéng)卓越”的院訓(xùn)，以立德樹人為根本，歷經(jīng)幾代中藥學(xué)/藥學(xué)人的辛勤耕耘，已經(jīng)成為實(shí)力雄厚、教學(xué)科研水平名列前茅的高等中藥教育基地。

　　學(xué)院由五系（中藥資源與鑒定系、中藥炮制與制劑系、藥理學(xué)系、藥物化學(xué)與分析系、生物制藥與食品科學(xué)系）、兩中心（實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心、分析測(cè)試中心）和兩合建學(xué)院（新中藥學(xué)院、康緣中藥學(xué)院）組成。與中科院上海藥物所合作共建“新中藥學(xué)院”、與中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院合作開辦中藥學(xué)“屠呦呦班”，探索培養(yǎng)卓越科學(xué)家（中藥學(xué)“4+5”本博連讀創(chuàng)新拔尖人才）；與附屬康緣藥業(yè)合作共建“康緣中藥學(xué)院”，探索培養(yǎng)卓越工程師（中藥學(xué)“4+3”創(chuàng)新應(yīng)用人才）。下設(shè)三個(gè)委員會(huì)：學(xué)術(shù)委員會(huì)、學(xué)位委員會(huì)、教學(xué)委員會(huì)。

　　中藥學(xué)學(xué)科為“雙一流”建設(shè)學(xué)科、國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科、江蘇省優(yōu)勢(shì)學(xué)科，在全國(guó)第四輪學(xué)科評(píng)估中中藥學(xué)進(jìn)入A類，藥理學(xué)與毒理學(xué)學(xué)科、化學(xué)學(xué)科進(jìn)入ESI全球排名前1%。中藥資源化學(xué)、中藥炮制學(xué)、中藥藥理學(xué)、中藥藥劑學(xué)、中藥化學(xué)和藥用植物學(xué)6個(gè)學(xué)科為國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科。藥學(xué)為江蘇省重點(diǎn)學(xué)科。

　　本科專業(yè)有中藥學(xué)、中藥資源與開發(fā)、中藥制藥、藥學(xué)、藥劑學(xué)、制藥工程、生物制藥、食品質(zhì)量與安全等8個(gè)，其中與澳大利亞Griffith University合作舉辦生物制藥（3+1）雙學(xué)位項(xiàng)目，與澳大利亞RMIT University合作舉辦食品質(zhì)量與安全（3+1）雙學(xué)位項(xiàng)目。2019年中藥學(xué)、藥學(xué)專業(yè)入選國(guó)家級(jí)一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，中藥資源與開發(fā)為國(guó)家特色專業(yè)，中藥學(xué)、藥學(xué)、中藥制藥、生物制藥（中外合作辦學(xué)）和食品質(zhì)量與安全（中外合作辦學(xué)）專業(yè)入選省級(jí)一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。碩士學(xué)位點(diǎn)有藥學(xué)、中藥學(xué)一級(jí)學(xué)科科學(xué)學(xué)位碩士點(diǎn)和專業(yè)學(xué)位碩士點(diǎn)；博士學(xué)位點(diǎn)有中藥學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，形成了本科、碩士、博士完整的教學(xué)層次和人才培養(yǎng)體系。中藥學(xué)學(xué)科設(shè)有博士后流動(dòng)站。

　　學(xué)院在職職工230余人，專任教師中具有博士學(xué)位教師占75%，具有碩士學(xué)位教師占22%，有教授（研究員）50名，副教授（副研究員）86名，其中國(guó)家973計(jì)劃首席科學(xué)家1人、長(zhǎng)江學(xué)者2人、國(guó)家杰青6人、中組部萬人計(jì)劃專家1人、國(guó)家優(yōu)青1人、中組部青年千人1人、岐黃學(xué)者1人、何梁何利基金科學(xué)與技術(shù)創(chuàng)新獎(jiǎng)1 人，國(guó)家有突出貢獻(xiàn)中青年專家2人、全國(guó)師德建設(shè)先進(jìn)個(gè)人1人、國(guó)家藥典委員會(huì)委員2人、全國(guó)中醫(yī)藥高等學(xué)校教學(xué)名師、全國(guó)中醫(yī)藥杰出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)、全國(guó)優(yōu)秀教師、全國(guó)優(yōu)秀科技工作者、江蘇省特聘教授、江蘇省“五一”勞動(dòng)獎(jiǎng)?wù)芦@得者、江蘇省“333”高層次人才等眾多優(yōu)秀專家人才。中藥學(xué)、藥學(xué)學(xué)科有博士研究生導(dǎo)師40名，碩士研究生導(dǎo)師96名。

　　學(xué)院有中藥學(xué)類國(guó)家實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、中藥學(xué)類國(guó)家虛擬仿真實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心和3個(gè)省級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心。與附屬江蘇康緣藥業(yè)共建中藥制藥過程新技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，有國(guó)家發(fā)改委中藥資源產(chǎn)業(yè)化與方劑創(chuàng)新藥物國(guó)家地方聯(lián)合工程研究中心、教育部中藥炮制規(guī)范化及標(biāo)準(zhǔn)化工程研究中心、國(guó)家中醫(yī)藥管理局中藥資源循環(huán)利用重點(diǎn)研究室、江蘇省中藥資源產(chǎn)業(yè)化過程協(xié)同創(chuàng)新中心，中藥品質(zhì)與效能國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育建設(shè)點(diǎn)、江蘇省中藥藥效與安全性評(píng)價(jià)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、江蘇省方劑高技術(shù)研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、江蘇省中藥高效給藥系統(tǒng)工程技術(shù)研究中心、江蘇省海洋藥用生物資源研究與開發(fā)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、江蘇省中藥炮制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、江蘇省中藥功效物質(zhì)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等科研平臺(tái)。