藥學院始建于1960年，其前身為南京中醫學院中藥系，是全國創建最早的中藥高等教育院（系）之一，學院秉承“尚德務實、精誠卓越”的院訓，以立德樹人為根本，歷經幾代中藥學/藥學人的辛勤耕耘，已經成為實力雄厚、教學科研水平名列前茅的高等中藥教育基地。

　　學院由五系（中藥資源與鑒定系、中藥炮制與制劑系、藥理學系、藥物化學與分析系、生物制藥與食品科學系）、兩中心（實驗教學中心、分析測試中心）和兩合建學院（新中藥學院、康緣中藥學院）組成。與中科院上海藥物所合作共建“新中藥學院”、與中國中醫科學院合作開辦中藥學“屠呦呦班”，探索培養卓越科學家（中藥學“4+5”本博連讀創新拔尖人才）；與附屬康緣藥業合作共建“康緣中藥學院”，探索培養卓越工程師（中藥學“4+3”創新應用人才）。下設三個委員會：學術委員會、學位委員會、教學委員會。

　　中藥學學科為“雙一流”建設學科、國家重點學科、江蘇省優勢學科，在全國第四輪學科評估中中藥學進入A類，藥理學與毒理學學科、化學學科進入ESI全球排名前1%。中藥資源化學、中藥炮制學、中藥藥理學、中藥藥劑學、中藥化學和藥用植物學6個學科為國家中醫藥管理局重點學科。藥學為江蘇省重點學科。

　　本科專業有中藥學、中藥資源與開發、中藥制藥、藥學、藥劑學、制藥工程、生物制藥、食品質量與安全等8個，其中與澳大利亞Griffith University合作舉辦生物制藥（3+1）雙學位項目，與澳大利亞RMIT University合作舉辦食品質量與安全（3+1）雙學位項目。2019年中藥學、藥學專業入選國家級一流本科專業建設點，中藥資源與開發為國家特色專業，中藥學、藥學、中藥制藥、生物制藥（中外合作辦學）和食品質量與安全（中外合作辦學）專業入選省級一流本科專業建設點。碩士學位點有藥學、中藥學一級學科科學學位碩士點和專業學位碩士點；博士學位點有中藥學一級學科博士學位授權點，形成了本科、碩士、博士完整的教學層次和人才培養體系。中藥學學科設有博士后流動站。

　　學院在職職工230余人，專任教師中具有博士學位教師占75%，具有碩士學位教師占22%，有教授（研究員）50名，副教授（副研究員）86名，其中國家973計劃首席科學家1人、長江學者2人、國家杰青6人、中組部萬人計劃專家1人、國家優青1人、中組部青年千人1人、岐黃學者1人、何梁何利基金科學與技術創新獎1 人，國家有突出貢獻中青年專家2人、全國師德建設先進個人1人、國家藥典委員會委員2人、全國中醫藥高等學校教學名師、全國中醫藥杰出貢獻獎、全國優秀教師、全國優秀科技工作者、江蘇省特聘教授、江蘇省“五一”勞動獎章獲得者、江蘇省“333”高層次人才等眾多優秀專家人才。中藥學、藥學學科有博士研究生導師40名，碩士研究生導師96名。

　　學院有中藥學類國家實驗教學示范中心、中藥學類國家虛擬仿真實驗教學中心和3個省級實驗教學示范中心。與附屬江蘇康緣藥業共建中藥制藥過程新技術國家重點實驗室，有國家發改委中藥資源產業化與方劑創新藥物國家地方聯合工程研究中心、教育部中藥炮制規范化及標準化工程研究中心、國家中醫藥管理局中藥資源循環利用重點研究室、江蘇省中藥資源產業化過程協同創新中心，中藥品質與效能國家重點實驗室培育建設點、江蘇省中藥藥效與安全性評價重點實驗室、江蘇省方劑高技術研究重點實驗室、江蘇省中藥高效給藥系統工程技術研究中心、江蘇省海洋藥用生物資源研究與開發重點實驗室、江蘇省中藥炮制重點實驗室、江蘇省中藥功效物質重點實驗室等科研平臺。