南京中醫藥大學中醫學院·中西醫結合學院的前身可以追溯到1954年建校初期設立的有關教研組，后歷經南京中醫學院中醫系、南京中醫學院基礎部、南京中醫藥大學基礎醫學院等不同辦學階段，2019年6月更名為南京中醫藥大學中醫學院·中西醫結合學院。

　　學院現由中醫學系、中西醫結合學系以及有關學術科研機構組成，擁有孟景春名中醫工作室、王燦暉名中醫工作室、楊進名中醫工作室等，是南京中醫藥大學以嶺絡病研究院的依托單位、南京中醫藥大學國際經方學院的依靠單位、南京中醫藥大學—澳大利亞皇家墨爾本理工大學中醫孔子學院的支持單位。

　　學院以中醫基礎學科和中西醫結合學科為主體，擁有國家中醫藥管理局重點學科6個、江蘇省重點學科3個。中西醫結合一級學科為江蘇高校優勢學科，在全國第四輪學科評估中被評為A類。擁有中醫學、中西醫結合2個博士后科研流動站，中醫學、中西醫結合2個一級學科博士點以及7個二級學科博士、碩士點。中西醫臨床醫學專業為國家級一流本科專業。

　　學院師資力量雄厚，名家云集，有教授、副教授44人，其中博士生導師21人、碩士生導師14人。有國家杰出青年基金獲得者1人、全國優秀教師1人、國家級教學名師1人、全國中醫藥高等學校教學名師1人、享受國務院政府特殊津貼3人，江蘇省高校教學名師2人、江蘇省國醫名師2人、江蘇省名中醫4人，江蘇省雙創團隊資助對象1人、江蘇省中醫藥領軍人才1人、江蘇省有突出貢獻中青年專家3人、江蘇省“青藍工程”中青年學術帶頭人4人、江蘇省“青藍工程”優秀青年骨干教師培養人選4人、江蘇省“333”工程第三層次培養對象3人、江蘇省“六大人才高峰”資助對象3人。

　　學院堅持以學生為中心，全面落實立德樹人根本任務，人才培養覆蓋本科生、碩士研究生和博士研究生各個層次。主要承擔全校各主干專業的中醫基礎與經典課程教學任務，擁有江蘇省精品課程6門以及國家級精品資源共享課2門、省級在線開放課程2門，是《中醫學基礎》《中醫學概論》《中醫診斷學》《中藥學》《臨床中藥學》《中醫臨床經典概要》《溫病學》《溫病學說理論與實踐》《傷寒論講義》《醫古文》《科研思路與方法》等各類規劃教材、精編教材的主編單位。中西醫基礎實驗教學中心是江蘇省實驗教學示范中心。

　　學院擁有中醫熱病學省部共建實驗室、分子生物學（溫病）國家中醫藥管理局三級實驗室、經典方劑及類方研究室（肺系病方證研究校級重點實驗室）、中醫腦病基礎研究校級重點實驗室、中藥性效研究校級重點實驗室、中醫脾藏象現代研究實驗室、共病郁癥研究所等各級各類科研實驗室7個。目前承擔國家重點研發計劃、國家自然科學基金重點項目、國家社科基金重大項目等國家級在研項目30余項，在國內外發表高水平論文多篇，獲各級各類獎勵多項。