基礎醫學院（前身基礎醫學部，1958年成立）更名于2001年1月，是遼寧中醫藥大學重要的教學、科研、社會服務、學生管理部門之一。擁有博士后科研流動站2個，博士學位授權點4個，碩士學位授權點4個，擁有國家中醫藥管理局科研三級實驗室暨遼寧省教育廳高校重點實驗室1個。學院現有中醫學類、西醫學類基礎14個教研室以及1個實驗室。現有教職工109人，其中教授 22人，副教授 37人；具有博士學位或博士在讀人員占59.63 %（65人），具有碩士學位人員占29.36 %。（32人）博士生導師16人，碩士生導師18人，享受政府特殊津貼專家7人，遼寧省教學名師 6人，省級百千人才工程的百人層次2人，千人層次5 人。

　一直以來，學院努力營造“教書育人，為人師表，嚴謹治學，敬業奉獻”的優良教風，將人文素質和科學精神教育融入到中醫藥大學生培養和師德建設中，不斷提升教師的人格、氣質、修養等內在品質。學院承擔著博士、碩士、本碩連讀七年制、本科、留學生、成人繼續教育、衛校等各層次40余門課程的教學工作。學院在“強化經典，注重理論，突出技能，與時俱進，面向社會，面向未來”辦學思路指導下，教學上力主強化基礎，強化理論，強化實踐能力，保持和突出中醫特色。在校園文化建設上突出中醫經典、突出中國傳統文化、突出中醫實踐。將“精誠至圣、明德至善”的精神內化為全院師生的思想意識，奮發圖強，追求卓越。大力弘揚“厚德博學，繼承創新”的校訓思想，積極開展院風、學風和教風建設。努力養成團結奮斗、求真務實、積極向上的院風，治學嚴謹、勇于奉獻、富有人格力量的教風，刻苦鉆研、實事求是、開拓創新的學風。學院注重內涵建設，充分發揮重點學科在基礎醫學院各項工作中的龍頭作用，進一步推行以學科為中心，“學科-學位點-教研室-實驗室”四位一體的建設管理體制。強化以人為本觀念，加強“青年教師導師培養制”，研究生三級網絡式管理體制和導師“一崗四責制”培養模式。學院注重以科研帶動教學，突出中醫藥特色，加強與現代對學科交叉滲透。科研方向主要有中醫臟象理論和應用研究、中醫病因病機理論研究、中藥方劑配伍規律的研究、中醫藥對免疫機能調節作用研究、中醫藥抗腫瘤研究等。先后與日本、韓國、比利時、美國、澳大利亞等國家的高校、科研單位或專家學者建立了學術交流和合作關系，為國內、省內外高等院校和科研院所、醫療機構培養了大批人才。

基礎醫學院承擔博士、碩士、7年制（本碩連讀）、留學生、本科、杏林、成人繼續教育、衛校等各層次40余門課程的教學工作。近5年，參與國家“973”課題3項，主持中藥名稱、中藥和內科學術語三項國家標準的研究工作，主持國家重大新藥研制專項基金課題1項，國家自然基金課題2項，國家中醫藥管理局課題1項，省科技廳、省教育廳和市科技局課題多項。獲國家教育部教學成果獎2項、遼寧省自然科學獎、省科技進步獎及省教委、省醫藥科技進步獎等40余項。近五年培養博士研究生90余名、碩士研究生240余名。先后與日本、韓國、比利時、美國、澳大利亞等國家的專家學者建立了學術交流和合作關系，并為國內、省內外高等院校和科研院所、醫療機構進行人才培養、學術交流和科研協作。