昆明醫科大學口腔醫學院始建于1979年，前身為昆明醫科大學口腔醫學系，1979年秋正式招收口腔醫學專業五年制本科學生，2000年更名為昆明醫科大學口腔醫學院，2006年昆明醫學院第一、第二附屬醫院口腔科組建成立附屬口腔醫院，2007年加掛云南省口腔醫院牌子。2010年，云南省醫學高等專科學校口腔系并入學院（醫院）。昆明醫科大學口腔醫學院、昆明醫科大學附屬口腔醫院和云南省口腔醫院實行“三塊牌子一套班子”的管理體制，是云南省口腔醫學教學、科研、醫療和預防保健中心，是云南省高級口腔醫學人才培養的重要基地、口腔醫學研究平臺和口腔診療服務中心。