昆明醫科大學基礎醫學院是集教學、科研及學生管理于一體的教學單位，其前身為1986年成立的昆明醫學院基礎醫學部，2000年更名為昆明醫學院基礎醫學院，2012年學校更名為昆明醫科大學，隨之更名為昆明醫科大學基礎醫學院。

　　學院現有人體解剖學與組織胚胎學、病理學與病理生理學、病原生物學與免疫學、生物化學與分子生物學、細胞生物學與醫學遺傳學、生理學、藥理學、物理數學與計算機科學等8個系；設有基礎醫學實驗教學中心，下設形態學、機能學、細胞生物學與分子生物學、病原生物學與免疫學、人體解剖學等5個實驗室；有昆明醫科大學神經科學研究所和昆明醫科大學熱帶醫學研究所2個科研機構；設黨政綜合辦公室、教學辦公室、學科及科研管理辦公室、團委、學生工作辦公室等5個管理機構。學院現有教學用房面積3萬平方米，正在建設3.7萬平方米的醫藥基礎實驗大樓，預計2018年年內投入使用。

　　學院現有教職工237人（專任教師179人，實驗技術人員47人），正高級職稱26人，副高級職稱80人；具有博士學位59人，碩士學位130人，有博士生導師11人，碩士生導師66人；云南省高端人才1人、教育部新世紀人才1人、云嶺教學名師1人、省級教學名師5人。

　　學院堅持以教學為中心，以人才培養為目標，積極開展教學改革，教學質量不斷提高。現承擔本科生、研究生、留學生和成人繼續教育等多層次教學任務，開設基礎必修課60余門，選修課50余門。學院以改革為動力，以提高教學質量為核心，穩步推進以“器官系統”為中心的教學改革，取得顯著成效。目前有省級教學團隊1個、省級實驗教學示范中心3個、省級虛擬仿真實驗中心1個，省級精品課程3門、省級雙語示范課程3門，省級精品視頻公開課2門，校級精品課程5門、校級雙語示范課程10門、校級混合式課程建設項目6項。近五年獲國家級教改項目1項、省級2項、校級49項，獲云南省教學成果一等獎1項、二等獎2項，獲國家級講課比賽二等獎2人次，出版規劃教材編寫94部，其中主編24部、副主編16部，參編54部。

　　學院以疾病防治為導向，緊密結合我省區位、資源和民族優勢，緊跟學科前沿，以常見多發病、熱帶傳染病和區域高發腫瘤等基礎醫學關鍵問題為重點，在寄生蟲分類與跨境傳染病防治、區域高發腫瘤與腦缺血、臨床應用解剖學與小膠質細胞活化調控、腫瘤和神經及傳染病免疫、法醫毒理學和法醫無證學等5個研究領域，形成了區域特色鮮明的基礎醫學學科研究體系。近五年承擔科研項目176項（師均1.67項），縱向及橫向課題總經費為6383.3萬元（師均51.48萬元）。其中國家級項目77項，研究經費4487.5萬元，省部級科研項目99項，研究經費1649.5萬元。目前在研科研項目98項，其中國家自然科學基金37項、省部級科研項目52項，項目總經費3439.25萬元（師均27.74萬元）。近五年發表第一作者或通訊作者SCI收錄論文285篇，其中影響因子