昆明醫科大學康復學院前身為昆明醫科大學康復治療學專業。于2005年成立，培養4年制理學學士，與香港理工大學合作按照國際慣例將康復治療學專業分設為物理治療及作業治療兩個獨立的專業方向，分別培養物理治療師和作業治療師。2014年，我校另一個與康復醫學高度相關的聽力與言語康復學專業，獲得教育部批準后正式招生。目前，康復治療學專業及聽力與言語康復學專業現有在校生人數399人，累計畢業生總人數9個年級共609名。其中物理治療畢業生379名，作業治療畢業生230名。自2009年本專業第一批畢業生畢業以來，每屆學生都出現了供不應求的現象。畢業生的就業率都為100%。學生就業于云南、北京、上海、廣州、四川、重慶、貴州等地，得到各就業機構的好評。在連續三屆全國康復治療學專業學生技能大賽中榮獲2項一等獎、2項二等獎、2項三等獎，并在首屆全國康復醫學創新創業大賽中獲第四名的好成績。10年來康復治療學專業為我省乃至全國培養了一批緊缺型專業人才，有10余名學子獲得了海外留學直通車的機會。

　　秉承國際化辦學的理念，2010年作業治療方向通過世界作業治療師聯盟（WFOT）國際教育標準的認證，2011年物理治療方向通過世界物理治療師聯盟（WCPT）國際教育標準的認證。2017年、2018年物理治療和作業治療的專業辦學再次通過WFOT、WCPT的完全認證。2018年獲教育部備案批準新增三個專業：康復物理治療、康復作業治療、假肢矯形工程學專業。原康復治療學專業正式更名為康復物理治療、康復作業治療并調整到云南省第一批次招生。

　　2005年，昆明醫科大學康復醫學與理療學碩士點學科以100%的通過率獲國務院學位辦批準設立，2007年開始招收醫學學位碩士研究生，2015年成為博士點學科開始招收博士研究生。至2018年止，康復醫學與理療學碩博點學科在校生30余人，已畢業碩士研究生40余人。2018年，醫學技術類一級學科碩士點獲批設立，2019年將以康復相關的二級學科（如物理治療、作業治療、聽力康復、言語語言病理等）招收理學碩士研究生。學院的碩士研究生培養規模將進一步擴大。

　　2016年9月，經學校黨政領導研究認為康復治療學專業已有很好的工作基礎，為主動融入國家"健康中國2030"及云南省政府大力發展生物醫藥和大健康產業等八大產業的發展戰略，貫徹落實國家“創新創業”教育發展方針，決定成立康復醫學院。2016年11月24日昆明醫科大學康復學院正式掛牌成立。成立后的學院設置黨政辦公室、教學管理辦公室、學生工作辦公室和學科、科研及研究生管理等辦公室四個科級管理機構；設置康復科學系、物理治療系、作業治療系、語言病理學系、聽力學系等五個學系，聘請海外系主任4名，榮譽教授2名，客座教授7名。2017年底學院搬遷至東校區擁有1萬3千平方米的康復學院新樓，建立了一批具集教學、人才培養、科研及社會服務的較高質量和水平的實驗室。包括物理治療實驗室、兒童物理治療實驗觀察室、運動控制實驗室、肺康復實驗室、心臟康復與體適能實驗室、兒童作業治療實驗室、文娛治療實驗室/精神心理實驗室、日常生活模擬實驗室、輔具及壓力衣設計與制作實驗室、嗓音分析實驗室、電測聽與聽覺誘發實驗室、語言病理學實驗室、神經電生理實驗室、步態分析實驗室、圖書資料室、模擬物理治療/心理作業治療門診、康復輔具中心等。

　　未來學院還會在調結構穩增長的基礎上增設與大健康產業相關的專業，調整部分專業辦學層次。主動服務國家發展生物醫藥和大健康產業對人才的需求，為產業市場培養更多優質的應用型人才，為產業的國際化與創新性發展注入新的活力。