基礎醫學院的前身是醫學基礎部，始建于1959年1月，1998年9月更名為基礎醫學院。學院下設學院辦公室、教研科、學生工作辦公室、學院團委等4個行政職能部門，現有基礎醫學系、生命科學與技術系、生物醫學工程系、基礎醫學實驗教學中心等4個教學系（中心），共14個教研室，其中：基礎醫學系涵蓋6個教研室，即微生物學教研室、免疫學教研室、人體解剖學教研室、組織學與胚胎學教研室、病理生理學教研室和寄生蟲學教研室；生命科學與技術系涵蓋4個教研室，即生理學教研室、生物化學與分子生物學教研室、生物技術教研室和細胞生物學與遺傳學教研室；生物醫學工程系涵蓋4個教研室，即物理學教研室、電子學教研室、醫療器械與臨床工程學教研室和數學與信息工程學教研室；基礎醫學實驗教學中心涵蓋3個教學實驗室（中心），即機能學實驗教學中心、形態學實驗教學中心、分子醫學實驗教學中心；2個科研實驗室，即基礎醫學中心實驗室、廣西“神經生物學研究”特聘專家實驗室。學院現有教職員工210人，其中專任教師137人，博士78人、碩士89人，具有正高職稱28人、副高職稱51人。近年來，先后榮獲國家“萬人計劃”教學名師1人、國家高層次人才計劃1人、國務院政府特殊津貼專家2人、廣西留學回國人員先進個人1人、教育部基礎醫學教學指導委員會委員1人、“中國青年解剖科學家獎”1人、廣西高校人才小高地“八桂學者”1人、廣西特聘專家3人、廣西優秀專家1人以及廣西“新世紀十百千人才工程”第二層次人選2人；廣西高等教育研究突出貢獻學者1人、廣西高校“八桂名師”1人、廣西高校“教學名師”1人、廣西“優秀教師”2人；廣西“先進工作者”1人、廣西“五一勞動獎章”5人、廣西“青年五四獎章”1人、“廣西青年科技獎”2人；榮獲“全國黨建工作樣板支部”1個、廣西“工人先鋒號”集體1個。學院現有基礎醫學博士后科研流動站1個、基礎醫學一級學科博士學位授權點1個，基礎醫學和生物學一級學科碩士學位授權點2個，擁有教育部重點實驗室1個、廣西特聘專家實驗室1個（解剖學與神經生物學）、廣西高校重點實驗室3個(人體發育與疾病研究、基礎醫學研究、生物分子醫學研究)；擁有人體解剖與組織胚胎學、病理學與病理生理學、醫學生物化學與分子生物學、病原生物學、免疫學等5門廣西高校重點學科，廣西一流學科1個（基礎醫學）、廣西一流培育學科1個（生物醫學工程）、廣西一流本科專業建設點1個（生物醫學工程）等。學院承擔全校臨床醫學、預防醫學、口腔醫學、藥學、護理學、信息管理與信息系統、醫學檢驗、公共事業管理等專業的博士生、碩士生、臨床醫學5+3一體化、七年制本科生、五年制本科生、外國留學生、高職高專生以及各類成人教育等多專業、多層次的基礎醫學課程的教學任務，開設有生物技術和生物醫學工程2個全日制本科專業，同時承擔臨床醫學及相關專業在基礎課學習階段約4000名學生的管理及育人工作。

　　現有“全國高校黃大年式教師團隊”1個（人體解剖與組織胚胎學教師團隊）、國家級教學團隊1個（組織學與胚胎學教學團隊）、省級教學團隊4個（組織學與胚胎學教學團隊、生物化學與分子生物學教學團隊、實驗生理科學教學團隊、基礎醫學實驗創新創業教學團隊）、省級實驗教學（示范）中心2個（基礎醫學虛擬仿真實驗教學中心、實驗生理科學）以及校級全英教學團隊5個。現有國家精品課程1門（組織學與胚胎學）、國家精品在線開放課程1門（蟲族入侵——人體寄生蟲學）、國家精品資源共享課程1門（組織學與胚胎學）、國家雙語教學示范課程1門（組織學與胚胎學）、來華留學英語授課品牌課程1門（組織學與胚胎學）、國家級示范性虛擬仿真實驗教學項目1個、省級一流本科課程建設項目9項（組織學與胚胎學、人體解剖學、生物化學、人體寄生蟲學、微生物學、醫學免疫學、生理學、實驗生理科學、醫用物理學）以及省級精品視頻公開課1門；近五年，獲省級及校級教育教學改革工程項目70余項、省級及校級教學成果60余項，多名教師獲國家級教學競賽獎項。學生培養質量好，參與中國“互聯網+”大學生創新創業大賽、“挑戰杯”全國大學生科技學術競賽、全國大學生數學建模比賽等多次獲獎，多名研究生、大學生在國際性、全國性學術會議上榮獲重要獎項。近年來學院獲科研立項課題142項，其中國家自然科學基金課題31項、省級課題46項、教育廳科研項目26項；獲廣西科技進步一等獎1項、二等獎1項，廣西自然科學二等獎1項；獲授權發明專利11件；發表學術論文400余篇，其中SCI、EI、ISTP收錄151篇。學院先后和德國、美國、英國、丹麥、奧地利、比利時、日本、新加坡、香港等國家和地區的高等院校、科研院所建立了長期合作關系，為學院的長期發展創造了良好的外部環境。學院還積極承辦和參與籌備國內國際會議。學院教師曾數次在國際會議和全國性學術會議上發言并做主題報告。