第二臨床醫(yī)學院定位于廣東醫(yī)科大學東莞校區(qū)，設(shè)有臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、康復(fù)治療學、口腔醫(yī)學技術(shù)四個專業(yè)。其中臨床醫(yī)學專業(yè)是“全國高等學校特色專業(yè)建設(shè)點”、“廣東省名牌專業(yè)”、“廣東省高校重點專業(yè)”、“廣東省應(yīng)用型人才示范專業(yè)”、一級學科碩士點和博士點，面向全國招收碩士、博士研究生。臨床醫(yī)學學科排名進入ESI全球5‰，2016年臨床醫(yī)學學科獲得廣東省“攀峰”重點學科，2019年臨床醫(yī)學專業(yè)入選國家一流本科專業(yè)建設(shè)點，臨床醫(yī)學專業(yè)通過教育部專業(yè)認證。

　　學院下設(shè)有口腔醫(yī)學系、康復(fù)治療學系、7個教研室（內(nèi)科學與診斷學教研室、外科學教研室、婦產(chǎn)科學與生殖醫(yī)學教研室、兒科學教研室、神經(jīng)病與精神病學教研室、放射與超聲診斷學教研室）、臨床技能培訓中心、科研平臺和東莞校區(qū)門診部等醫(yī)教研部門。學校現(xiàn)有5所直屬附屬醫(yī)院作為臨床教學基地，學院與深圳、中山、惠州、東莞、廣州等地十幾家教學醫(yī)院建立了良好的協(xié)同育人教學合作關(guān)系。

　　學院秉承“立志立德、求真求精”的校訓，弘揚“醫(yī)德與醫(yī)術(shù)相長，人文與醫(yī)學并重”的專業(yè)理念，堅持“臨床實踐能力培養(yǎng)5年（4年）不斷線，人文素質(zhì)教育5年（4年）不斷線，創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)能力培養(yǎng)5年（4年）不斷線”的培養(yǎng)特色，著力培養(yǎng)基礎(chǔ)知識扎實、臨床實踐能力強、人文素養(yǎng)高、具有創(chuàng)新意識的應(yīng)用型醫(yī)學人才。畢業(yè)生以良好的人文素質(zhì)、扎實的理論基礎(chǔ)和熟練的臨床技能深受用人單位的歡迎，就業(yè)率均在95%以上，大部分畢業(yè)生在珠三角地區(qū)就業(yè)。學院學風敦厚，學生考研升學率逐年提升，2020年臨床醫(yī)學專業(yè)學生考研上線率68.5%,錄取率83.3%，總體升學率52.5%，部分學生被復(fù)旦大學、中山大學等知名大學錄取。