第二臨床醫學院定位于廣東醫科大學東莞校區，設有臨床醫學、口腔醫學、康復治療學、口腔醫學技術四個專業。其中臨床醫學專業是“全國高等學校特色專業建設點”、“廣東省名牌專業”、“廣東省高校重點專業”、“廣東省應用型人才示范專業”、一級學科碩士點和博士點，面向全國招收碩士、博士研究生。臨床醫學學科排名進入ESI全球5‰，2016年臨床醫學學科獲得廣東省“攀峰”重點學科，2019年臨床醫學專業入選國家一流本科專業建設點，臨床醫學專業通過教育部專業認證。

　　學院下設有口腔醫學系、康復治療學系、7個教研室（內科學與診斷學教研室、外科學教研室、婦產科學與生殖醫學教研室、兒科學教研室、神經病與精神病學教研室、放射與超聲診斷學教研室）、臨床技能培訓中心、科研平臺和東莞校區門診部等醫教研部門。學校現有5所直屬附屬醫院作為臨床教學基地，學院與深圳、中山、惠州、東莞、廣州等地十幾家教學醫院建立了良好的協同育人教學合作關系。

　　學院秉承“立志立德、求真求精”的校訓，弘揚“醫德與醫術相長，人文與醫學并重”的專業理念，堅持“臨床實踐能力培養5年（4年）不斷線，人文素質教育5年（4年）不斷線，創新創業能力培養5年（4年）不斷線”的培養特色，著力培養基礎知識扎實、臨床實踐能力強、人文素養高、具有創新意識的應用型醫學人才。畢業生以良好的人文素質、扎實的理論基礎和熟練的臨床技能深受用人單位的歡迎，就業率均在95%以上，大部分畢業生在珠三角地區就業。學院學風敦厚，學生考研升學率逐年提升，2020年臨床醫學專業學生考研上線率68.5%,錄取率83.3%，總體升學率52.5%，部分學生被復旦大學、中山大學等知名大學錄取。