基礎醫學院現有3個系、8個教研室、2個綜合教學實驗室、3個實驗教學示范中心、2個一級學科碩士點、2個教師工作室。承擔全校各本科專業55門醫學基礎課程和法醫學、生物技術專業共20門專業課程，全年人均授課290學時。經過20年的建設與發展，學院已建設成為具有博士生、研究生和本科生培養能力的教學、科研和師資培養基地，形成了厚德、篤學、嚴謹、創新的學院文化。基礎醫學院下屬3病理學、法醫學、生物技術3個系，（細胞生物學、人體解剖學、組織學與胚胎學、生物化學與分子生物學、生理學、微生物學與免疫學、寄生蟲學、病理生理學等8個教研室），基礎醫學實驗教學中心（省級）、基礎醫學虛擬仿真實驗教學中心（校級）、解剖學實驗教學中心（校級）3個實驗教學示范中心，生理科學實驗和病原生物學2個綜合實驗室，8個本科生科研工作站。除上述教學機構外，基礎醫學院還有“醫學生物活性分子研究實驗室”、“現代生物化學與分子生物學實驗室”、“微生物與免疫學實驗室”3個省級實驗室，“生物化學與分子生物學研究所”、“干細胞與再生醫學研究所”、“病原生物學與免疫學研究所”、"生理學研究室"、"醫學遺傳研究室" 5個校級科研機構。 

　　“廣東醫科大學司法鑒定中心”由法醫學系管理運作，承擔著教學、科研和社會服務等多方面職能，開展有法醫學病理鑒定、法醫物證鑒定、法醫臨床鑒定、法醫毒物鑒定、微量物證鑒定和法醫精神鑒定等六個類別的司法鑒定業務，是重要的法醫學教學實踐基地。基礎醫學院已形成一支水平過硬，以中、青年教師為主的高素質師資隊伍。學院現有教職工171人（其中專任教師121人）。專任教師中，正高19人（占16%）、副高44人（占36%）、其他58人（占48%），博士60人（占5%）、碩士52人（占43%），45歲以下教師人數73人（占60%），留學回國人員16人，博士生導師5人，碩士生導師46人，“千百十工程”省級培養對象7人（胡新榮、唐旭東、彭禮飛、張志珍、熊興東、揭偉、周艷芳），廣東省優秀青年教師項目獲得者1人（葉曉霞），廣東省“揚帆計劃”項目獲得者2人（熊興東、揭 偉），南粵優秀教師5人（周光紀、張志珍、侯 敢、彭禮飛、熊興東）。

　　省級（生物化學）和校級（病理生理學）教學團隊各1個。基礎醫學院現有兩個一級學科碩士點（生物學、基礎醫學），有省級特色重點學科2個（生物化學、基礎醫學）、珠江學者設崗學科2個（生物化學、基礎醫學）、廣東省“沖補強”提升計劃重點建設學科1個（基礎醫學），至今已連續招收碩士研究生34年，兩個一級學科均具有教授職稱獨立評審權。近5年獲得國家級科研課題31項，省級課題108項；發表學術論文351篇（SCI收錄179篇）；獲專利授權11項；編寫教材12部（主編或副主編5部）；近五年招收碩士生275人，研究生在校期間發表學術論文103篇（SCI論文29篇）；3人獲“廣東省優秀研究生”，14人獲得國家獎學金；獨立培養博士研究生5人。生物化學與分子生物學學科已連續25年被評為廣東省高校重點學科/重點扶持學科。學院現有法醫學和生物技術兩個本科專業。現有全日制本科生601人，其中法醫學專業349人，生物技術專業252人。畢業生就業率高，就業質量好，畢業生受到用人單位好評。