中醫(yī)學在1958年福建中醫(yī)學院創(chuàng)建之時，便是我校的主干學科與專業(yè)，中醫(yī)學專業(yè)是國家級特色專業(yè)。1984年5月成立中醫(yī)醫(yī)療系，1988年9月更名為中醫(yī)系。2010年3月福建中醫(yī)學院更名為福建中醫(yī)藥大學，中醫(yī)系隨之更名為中醫(yī)學院。2017年5月骨傷學院教師并入中醫(yī)學院，成立中醫(yī)骨傷科學教研室。

　　學院現(xiàn)有中醫(yī)基礎(chǔ)理論、中醫(yī)診斷學、中醫(yī)醫(yī)史文獻、中醫(yī)臨床基礎(chǔ)、中醫(yī)骨傷學5個大學科，下設(shè)10個教研室。擁有中醫(yī)學一級學科碩士和博士學位授權(quán)點、1個博士后流動站。有五年制中醫(yī)學、中醫(yī)學（5+3一體化）和中醫(yī)骨傷科學3個本科專業(yè)。目前在校本科生及國內(nèi)外研究生2700余人。

　　學院現(xiàn)有教職員工112人，高級職稱38人，具有博士學位43人，博士生導師17人，碩士生導師30余人；學院擁有一批海內(nèi)外享有盛名的老專家、老教授和國內(nèi)知名的中青年專家、學者、國務(wù)院特殊津貼專家、全國師德先進、全國中醫(yī)藥高等學校教學名師等。

　　學院擁有2門國家級精品課程、2門國家級精品資源共享課、1個國家級教學團隊、1門國家級精品視頻公開課。2008年中醫(yī)學專業(yè)獲國家級特色專業(yè)建設(shè)點；2008年中醫(yī)學（經(jīng)典班）獲省級特色專業(yè)建設(shè)點；2010年12月，中醫(yī)學專業(yè)順利通過專業(yè)認證；2014年獲得省級教學成果特等獎1項，一、二等獎3項。

　　學院擁有7個國家中醫(yī)藥管理局重點建設(shè)學科，2011年至今，共承擔各類課題200余項。其中，國家自然科學基金重點項目1 項，國家自然科學基金27項；973子課題、十二五支撐計劃和國家軟科學課題各1項。近5年學院發(fā)表學術(shù)論文400余篇，其中一級學會核心期刊論文140余篇，SCI收錄論文20余篇。各級科學技術(shù)成果獎10項。中醫(yī)骨傷學科繼承閩派南少林骨傷科和林如高老中醫(yī)的學術(shù)思想，發(fā)掘閩派中醫(yī)骨傷精髓，成立南少林骨傷科流派。

　　進入21世紀，中醫(yī)學院秉承“大醫(yī)精誠，止于至善”的校訓和“仁和精誠，傳業(yè)含弘”的院訓，提出“博學人文，強化經(jīng)典，拓展基礎(chǔ)，提升技能”的中醫(yī)學專業(yè)辦學思路，形成以講“中醫(yī)經(jīng)典”為主的教學特色和具有中醫(yī)傳承特色的“師承班”“經(jīng)典班”“修園班”“國醫(yī)傳承班”等人才培養(yǎng)模式。

　　學院定期選派學生赴臺灣各高等院校交換學習，并與湖南、安徽、長春等中醫(yī)藥大學互派學生交流學習，成為專業(yè)培養(yǎng)對外交流的重要窗口。學院重視學生臨床操作技能培養(yǎng)，定期舉辦中醫(yī)知識、技能大賽，組織開展志愿者醫(yī)療服務(wù) 、大學生暑期科技衛(wèi)生“三下鄉(xiāng)”等社會實踐活動，豐富校園文化生活，展示中醫(yī)學子風采，深受社會好評。