中醫學在1958年福建中醫學院創建之時，便是我校的主干學科與專業，中醫學專業是國家級特色專業。1984年5月成立中醫醫療系，1988年9月更名為中醫系。2010年3月福建中醫學院更名為福建中醫藥大學，中醫系隨之更名為中醫學院。2017年5月骨傷學院教師并入中醫學院，成立中醫骨傷科學教研室。

　　學院現有中醫基礎理論、中醫診斷學、中醫醫史文獻、中醫臨床基礎、中醫骨傷學5個大學科，下設10個教研室。擁有中醫學一級學科碩士和博士學位授權點、1個博士后流動站。有五年制中醫學、中醫學（5+3一體化）和中醫骨傷科學3個本科專業。目前在校本科生及國內外研究生2700余人。

　　學院現有教職員工112人，高級職稱38人，具有博士學位43人，博士生導師17人，碩士生導師30余人；學院擁有一批海內外享有盛名的老專家、老教授和國內知名的中青年專家、學者、國務院特殊津貼專家、全國師德先進、全國中醫藥高等學校教學名師等。

　　學院擁有2門國家級精品課程、2門國家級精品資源共享課、1個國家級教學團隊、1門國家級精品視頻公開課。2008年中醫學專業獲國家級特色專業建設點；2008年中醫學（經典班）獲省級特色專業建設點；2010年12月，中醫學專業順利通過專業認證；2014年獲得省級教學成果特等獎1項，一、二等獎3項。

　　學院擁有7個國家中醫藥管理局重點建設學科，2011年至今，共承擔各類課題200余項。其中，國家自然科學基金重點項目1 項，國家自然科學基金27項；973子課題、十二五支撐計劃和國家軟科學課題各1項。近5年學院發表學術論文400余篇，其中一級學會核心期刊論文140余篇，SCI收錄論文20余篇。各級科學技術成果獎10項。中醫骨傷學科繼承閩派南少林骨傷科和林如高老中醫的學術思想，發掘閩派中醫骨傷精髓，成立南少林骨傷科流派。

　　進入21世紀，中醫學院秉承“大醫精誠，止于至善”的校訓和“仁和精誠，傳業含弘”的院訓，提出“博學人文，強化經典，拓展基礎，提升技能”的中醫學專業辦學思路，形成以講“中醫經典”為主的教學特色和具有中醫傳承特色的“師承班”“經典班”“修園班”“國醫傳承班”等人才培養模式。

　　學院定期選派學生赴臺灣各高等院校交換學習，并與湖南、安徽、長春等中醫藥大學互派學生交流學習，成為專業培養對外交流的重要窗口。學院重視學生臨床操作技能培養，定期舉辦中醫知識、技能大賽，組織開展志愿者醫療服務 、大學生暑期科技衛生“三下鄉”等社會實踐活動，豐富校園文化生活，展示中醫學子風采，深受社會好評。