福建中醫藥大學原名福建中醫學院，創建于1958年，是我國創辦較早的高等中醫藥院校之一，是福建省重點建設高校，2010年3月經教育部批準更名為福建中醫藥大學。

　　學校設有13個學院（部），2個研究院；有中醫學、中西醫結合等2個博士學位授權一級學科，17個博士學位授權點，有中醫學、中西醫結合、臨床醫學、藥學、中藥學、護理學等6個碩士學位授權一級學科，45個碩士學位授權點，有中醫學、中藥學、藥學、護理學等4個碩士專業學位類別；有中醫學、中西醫結合等2個博士后科研流動站；有中醫學、針灸推拿學、中西醫臨床醫學、臨床醫學、藥學、中藥學、藥物制劑、制藥工程、市場營銷、護理學、公共事業管理、醫學影像技術、食品科學與工程、康復治療學、信息管理與信息系統、醫學實驗技術、海洋藥學、健康服務與管理、聽力與言語康復學、康復物理治療、康復作業治療等21個本科專業。現有全日制在校生1.2萬多人，其中研究生1600多人。

　　學校現有教職醫護員工（含四所直屬附屬醫院）3000多人，其中具有高級職稱的專業技術人員700多人；擁有1名國醫大師、3名全國名中醫、2名國家中醫藥傳承與創新“百千萬”人才工程（岐黃工程）岐黃學者，5名教育部教學指導委員會委員（其中中醫學類專業教學指導委員會副主任委員1名、中西醫結合類專業教學指導委員會副主任委員1名）；擁有一批國家和衛生部有突出貢獻的中青年專家、國務院特殊津貼專家、國家級名老中醫學術繼承人指導老師、全國百名杰出青年中醫、全國優秀教師等。

　　2002年和2007年，學校先后兩次在教育部組織的本科教學工作水平評估中獲得“優秀”成績。2010年12月，中醫學專業通過教育部試點專業認證。2016年，學校順利通過本科教學工作審核評估，康復物理治療（PT）和作業治療（OT）分別通過世界物理治療聯盟（WCPT）、世界作業治療聯盟（WFOT）國際教育標準認證。2017年5月，中藥學專業通過教育部試點專業認證。目前，學校擁有3門國家級精品課程、2個國家級教學團隊、4個國家級特色專業、1門國家級雙語教學示范課程、1個國家級人才培養模式創新實驗區、2門國家級精品視頻公開課、3門國家級精品資源共享課、1個國家級專業綜合改革試點、2項國家級卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點項目、1個國家級大學生校外實踐教育基地和134項國家級大學生創新創業訓練計劃項目。在近三屆教學成果評選中獲國家級二等獎1項，省級特等獎3項、一等獎6項、二等獎10項。

　　學校有20個國家中醫藥管理局重點學科。2003年以來，作為福建省重點建設高校之一，學校以學科建設為核心，帶動其它相關內涵建設的發展，取得顯著成績。2008年，學校再次被列入福建省重點建設高校。2017年，臨床醫學學科進入ESI全球排名前1%行列。2018年，學校入選福建省“雙一流”建設——一流學科建設高校行列，其中中西醫結合、中醫學入選福建省A類高峰學科，中藥學、護理學、藥學入選福建省高原學科,臨床醫學、管理學入選福建省應用型學科。