福建醫科大學創建于1937年，首任校長為我國著名的生理學家侯宗濂教授，建校初始就有很強的基礎醫學師資隊伍，1959年成立基礎醫學部，2001年成立基礎醫學院。歷經80余載的發展壯大，基礎醫學院已成為集教學、科研和社會服務于一體的基礎醫學人才培養和科學研究基地。學院現有9個系（人體解剖學系、組織胚胎學系、生理學與病理生理學系、生物化學與分子生物學系、病理學系、病原生物學系、生物信息學系、免疫學系、細胞生物學與遺傳學系）、1個教學部（數理與計算機學教學部）、2個中心（實驗教學中心、科研中心）。學院現有1個省高峰學科建設學科（基礎醫學）、1個省“211”重點學科（分子醫學）、1個省特色重點學科（基礎醫學）、2個省級重點一級學科（基礎醫學、生物學）、4個省重點二級學科（生化與分子生物學、人體解剖與組織胚胎學、病原生物學、病理學與病理生理學）；擁有基礎醫學一級學科博士學位授權點、基礎醫學與生物學2個一級學科碩士學位授權點及1個博士后科研流動站（基礎醫學）。

　　學院人才濟濟，師資隊伍實力雄厚。現有教職工230余人，其中教授38人、副教授60人；博士生導師28人、碩士生導師75人；享受國務院政府特殊津貼專家4人，全國優秀教師1人，福建省高校教學名師、福建省優秀教師8人，福建省最美教師1人；教育部“新世紀優秀人才支持計劃”人選1人，入選省級“百千萬人才工程”人選7人，入選省百人計劃、省高校新世紀優秀人才支持計劃、省高校杰出青年科研人才培育計劃人選11人、入選省“閩江學者獎勵計劃”6人、省科技創新領軍人才1人。

　　學院擁有配置良好的教學實驗室與科研平臺。目前擁有1個教育部重點實驗室（消化道惡性腫瘤）、1個省重點實驗室（腫瘤微生物學）、4個省高校重點實驗室（干細胞與再生醫學、腦老化與神經變性疾病、醫學生物信息學、心血管離子通道信號調控）、1個省級實驗教學示范中心（基礎醫學）、1個省級虛擬仿真實驗教學中心（基礎醫學）。學院還擁有省研究生教育創新基地2個、省高校科技創新團隊2個。

　　學院歷來重視科學研究與對外合作交流。2015年以來，學院獲國家科技重大專項子項目、國家自然科學基金、省部級及各類廳級基金、人才項目等科研基金資助238項，總資助經費4100余萬元。教師及科研人員先后在SCI源期刊和國家級學術期刊上發表論文300余篇。獲福建省科技進步獎一等獎2項、二等獎1項，福建醫學科技獎一等獎1項、醫學科技獎二等獎1項、三等獎1項。先后與美國哈佛大學及約翰霍普金斯大學、瑞典卡洛琳斯卡醫學院、日本奈良醫科大學、臺灣陽明大學、香港大學等建立了密切的合作關系。

　　學院三全育人，人才培養成效好。現開辦五年制基礎醫學、四年制生物信息學兩個本科專業，培養基礎醫學各二級學科博士研究生，以及基礎醫學、生物學各二級學科碩士研究生。學院還承擔臨床醫學、預防醫學、口腔醫學、藥學、護理學等全校24個本科專業及博碩士研究生醫學基礎課程的教學任務。學院現有6支省級教學團隊（病理學教學團隊、人體解剖學教學團隊、組織胚胎學教學團隊、基礎醫學課程教學團隊、基礎醫學創新實驗教學團隊、消化道惡性腫瘤研究博導團隊），擁有7門省級精品課程、6門省級精品線上線下混合式課程、3門省級虛擬仿真實驗課程、2門優質碩士學位課程。