福建醫科大學藥學院為集教學、科研、開發與社會服務為一體的高等藥學教育機構。學院設有藥理學系、臨床藥學系、藥物分析學系、藥物化學系、藥劑學系、天然藥物學系、基礎化學系、生物工程與生物制藥學系等8個學系和實驗教學中心、藥學科技管理與服務中心等下屬機構。擁有3個省級重點學科：藥理學（2003年）、藥學特色重點學科（2012年）、省一流學科藥學高峰學科（2018年）。1984年獲得藥理學碩士學位授權點（我校首批碩士點），2003年獲得藥理學博士學位授權點，成為我省藥理學碩士學位、博士學位唯一的授權點；2005年獲得藥學一級學科碩士學位授權點；2011年獲得藥學碩士專業學位授權點；2018年獲得藥學一級學科博士學位授權點。開設藥學、臨床藥學、藥物制劑、生物制藥、藥物分析等5個本科藥學類專業，每年招生300人左右（藥物分析專業從2016年開始暫停招生），其中藥學專業入選國家級一流本科專業建設點。

藥學院師資力量較為雄厚,現有教職員工122人，包括專任教師94人（含研究系列10人），實驗技術人員19人（包括教輔15人、科輔4人），行政管理人員4人，輔導員4人，博士后1人。專任教師中正高級職稱25人（26%），副高級職稱40人（42%），博士生導師10名（11%），碩士生導師54名（57%），具有博士學位者69名（73%），境外留學經歷教師29名（31%）。師資隊伍中享受國務院特殊津貼專家4名，教育部新世紀優秀人才支持計劃1名，國家百千萬人才工程人選1名，愛思唯爾（Elsevier）高被引學者入選1人（2014-2019年），福建省高校教學名師2名，福建省科技創新領軍人才4名，福建省海西產業人才高地領軍人才1名，福建省青年拔尖創新人才2名，福建省高等學校新世紀優秀人才支持計劃8人，福建省高校杰出青年科研人才培育計劃8人。

學院確立人才培養是其根本任務，強化人才培養中心地位；堅持特色發展、創新發展的辦學理念；加強素質教育，走以質量提升為核心的內涵式發展道路。學院擁有從本科生到研究生、從全日制到繼續教育完整的藥學類專業人才培養體系，以本科教育為主體，積極發展研究生教育，努力辦好繼續教育。

　　 藥學院具有學士、碩士、博士人才培養體系，人才培養工作成效顯著。作為我省藥學類專業研究生培養的主要基地，已培養博士63名、碩士554名；獲得全國優秀博士學位論文提名獎，近三年獲得福建省優秀博士學位論文1篇，優秀碩士學位論文6篇。先后培養輸送全日制本科畢業生3587名，現在讀全日制本科生1211名。

　　 學院注重提升教育教學理念，著力促進藥學教學改革與發展，“以學科建設促進藥學人才培養的綜合改革與實踐”榮獲福建省教學成果一等獎；大力加強本科教學工程建設，取得可喜成績：國家級藥學特色專業建設點，省級生物醫藥與藥事服務專業集群建設項目、創新創業教育改革試點藥物制劑專業建設項目、藥學專業綜合改革試點、“應用型”藥學人才培養模式創新實驗區、藥學實驗教學示范中心、藥學專業技能實驗教學示范中心、藥理學教學團隊，省級精品課程5門：《藥理學》、《藥物分析》、《藥物化學》、《分析化學》和《衛生化學》，以及省級精品資源共享課程《分析化學》等。學院教師積極參加教材編寫，共有52人次參與編寫全國性教材，其中主編10人次、副主編5人次。