安徽中醫藥大學藥學院，是全國高等中醫藥院校藥學類專業較為齊全的藥學院系之一，也是全國最早同時擁有中藥學、藥學兩個一級學科的院系之一。1974年建立系，2004年更名為藥學院，2014年整體搬遷少荃湖校區。2015年我院所有專業進入一本招生，2017年，中藥學學科獲批安徽省“國內一流學科”建設點。2018年，藥學院獲批安徽省第二批“三全育人”綜合改革試點院系。2019年，藥學院榮獲全國教育系統先進集體稱號,2019年10月，我院新增中藥學博士后科研流動站。在幾代藥學人四十余年的不懈努力下，藥學院在師資隊伍建設、人才培養、科技創新及社會服務等方面取得了優異的成績。

　　藥學院現有教職工131人，其中正高職稱41人，副高職稱37人；具有博士學歷56人；擁有國務院特殊津貼專家2名，安徽省人民政府特殊津貼專家1名，全國優秀教師3人，皖江學者1人，安徽省學術與技術帶頭人及后備人選7人，省級教學名師5人，省級教壇新秀6人，校級教學名師2人，校級教學精英5人，校級教壇新秀3人。藥學院現有博士生導師14人，碩士生導師134人。本、碩、博在校生2400余人。

　　藥學院現設黨政辦、教學辦、科研辦、學科與研究生辦、實習與就業辦、學生工作辦、分團委等7個辦公室和六系兩中心：中藥資源系、生藥系、中藥藥理系、藥物化學系、藥物分析系、藥物制劑系，以及中藥資源中心和實驗（實訓）中心。

　　藥學院現有中藥學、藥學、制藥工程、藥物制劑、食品質量與安全、生物制藥、藥物分析、中藥資源與開發等8個一本專業，其中中藥學、藥學專業為國家教育部特色專業，制藥工程專業、藥物制劑為省級特色專業，食品質量與安全、生物制藥、中藥資源與開發為省級新興專業或改造專業。2016年中藥學專業順利通過教育部中藥學類教學指導委員會的專業認證（試點）。擁有中藥學一級學科博士學位授予點，中藥學、藥學一級學科碩士學位授予點及生藥學、藥物化學、藥劑學、藥理學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥物代謝動力學等7個二級學科碩士學位授予點。

　　中藥學學科為安徽省國內一流學科建設點，也是安徽省重大學科建設點，藥用植物學、中藥化學、臨床中藥學學科為國家中醫藥管理局重點學科；中藥藥理學、藥劑學學科為安徽省重點學科。目前建有國家中藥類實驗教學示范中心、安徽省藥用基礎化學實驗教學示范中心，教育部新安醫學重點實驗室、中藥復方安徽省重點實驗室、安徽省中藥研究與開發重點實驗室、安徽道地中藥材品質提升協同創新中心、安徽省院士工作站、現代中藥安徽省重點實驗室等教學科研平臺；依托安徽省中醫藥科學院建有中藥資源保護與利用研究所、中藥藥效與安全性評價研究所、藥物化學研究所、藥物制劑研究所。近年來承擔各級各類課題200余項；獲省級以上科技獎勵14項；申請發明專利40余項。

　　四十余年的辦學歷史，培養了分布在海內外20多個國家和地區，遍及全國藥學教育、研究、生產、流通、管理、監督、服務等各領域萬余名高素質應用型人才。當前，在學校大力建設地方特色高水平大學的進程中，藥學院將以“內涵發展，提高質量”主線，著力提升學科建設和專業建設水平，全面提升人才培養質量，努力創建國內有實力、省內高水平、行業有影響的藥學院。