馬克思主義學院成立于2008年11月，前身是1984年10月從政治教育系分立的馬列主義教研部。馬克思主義理論學科建校伊始即成為學校重點建設的優勢學科，是新疆該專業第一批獲得碩士授權和第一批招收思想政治教育本科生的專業。1993年獲批馬克思主義理論與思想政治教育碩士學位授權點，2006年成功申報馬克思主義理論一級學科碩士學位點，2008年馬克思主義理論成為博士立項建設學科。自2010年該學科成為自治區高校首批唯一的重點學科始至今，一直是自治區重點學科。2013年獲批馬克思主義理論一級學科博士學位授權點，2017年3月入選第二批全國重點馬克思主義學院，同年9月開始招收思想政治教育非師范類本科生。在2017年全國第四輪學科評估中，馬克思主義理論一級學科評估結果為“B”檔，位居自治區第一，在西北地區處于領先地位，在全國居前20%-30%。

　　近年來，學院致力于建設高素質思政課教師隊伍，突出教師政治建設，強化教學反分裂教育針對性和實效性加強思政課發展創新，推進學科建設和科研工作，教師主持的國家級、省部級和廳局級課題數量和經費，在核心期刊發表的論文數量、學科團隊實力、教學和科研獲獎層次與數量、學科團隊專家承擔的社會責任和社會服務等均名列全疆高校之首，居西部高校前列，在全國位居中前，形成了人無我有、人有我優、人優我特的顯著優勢，在自治區馬克思主義理論和意識形態安全研究、高校思想政治理論課建設發揮了積極作用，為培養靠得住、留得下、用得上，能擔當中華民族偉大復興大任的時代新人做出了積極貢獻。

　　學院將在校黨委領導下，以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，認真貫徹落實黨中央治疆方略，以奮發有為的精神狀態，求真務實，開拓創新，為把學院建成邊疆民族地區高水平思想政治理論課教學示范基地、馬克思主義理論人才集中培養基地、特色鮮明的馬克思主義研究學術高地、意識形態領域反分裂反滲透斗爭堅強思想陣地而努力，為實現新疆社會穩定和長治久安總目標作出更大貢獻。