生物多樣性保護學院于2017年5月成立，學院歷史可追溯至1938年原云南大學森林系、1978年原西南林學院森保系，是西南林業大學辦學歷史最為悠久的學院之一。

　　師資概況：學院現有教職工55人，其中正高級職稱11人，副高級職稱24人，中級職稱19人，初級職稱1人。教職工中具有博士學位的有35人，占63.6%。有教育部新世紀優秀人才、中國科協青年托舉人才、云南省萬人計劃、云南省中青年學術技術帶頭人等各類省部級人才13人。

　　專業概況：學院現有森林保護、植物保護和野生動物與自然保護區管理3個本科專業，其中森林保護和植物保護專業是云南省雙一流建設專業，森林保護和野生動物與自然保護區管理專業入選國家卓越農林人才教育培養計劃。有野生動物、昆蟲、真菌、森林病理4個標本室，以及楚雄紫溪山省級自然保護區、會澤黑頸鶴國家級自然保護區等7個實踐教學基地，可強力支撐本科教學。近三年，本科生升學率保持在50%以上。

　　學科概況：學院有2個博士、碩士二級學科學術型碩士學位點（森林保護學和野生動植物保護與利用），以及2個專業碩士學位點（農業碩士，領域為資源利用與植物保護；林業碩士，方向為動物多樣性保護、森林保護）。

　　科研概況：學院定位為科研型學院，現有云南生物多樣性研究院、云南省森林災害預警與控制重點實驗室、云南省高校極小種群野生動物保育重點實驗室3個科研平臺。2019年，學院科研經費1600萬，發表論文73篇、SCI論文41篇，出版著作3部，獲省部級科技獎項2項。