2005年2月，經國務院學位辦批準，大連海事大學成為工商管理碩士（MBA）、公共管理碩士（MPA）和法律碩士（J.M）三個專業學位碩士研究生培養單位。2005年3月，學校分別成立了以上三個專業學位教育中心。進入2006年，為進一步整合學校教育資源，強化對專業學位教育的管理，促進教育培養工作的開展，打造國內一流的MBA、MPA和J.M品牌，學校研究決定成立專業碩士學位教育中心， 后更名為專業學位教育學院。2011年，法律碩士教育中心由專業學位教育學院調整至法學院；同年3月，交通運輸部管理干部學院和大連海事大學合作共建北京研究院，掛靠專業學位教育學院。專業學位教育學院是大連海事大學的二級教學單位，全面負責交通運輸行業高層 1A301次人才的專業學位研究生教育和培養工作，是我校培養交通運輸領域高級管理人才的重要基地與窗口。學院設招生與市場開拓部、培養與學位管理部及辦公室三個部門，全面負責大連海事大學MBA、MPA教育的招生、培養、學生管理工作。學院獨特的辦學模式受到全國MPA教育指導委員會高度評價：“大連海事大學成立的專業學位教育學院，辦學體制獨特，發揮了科學管理的優勢，有效地整合了學校優勢學科與師資資源”。

　　專業學位教育學院充分發揮百年海大的深厚底蘊，深入發掘師資優勢、學術資源和科研成果，積極整合校內、外部資源，為交通運輸行業高層次人才再學習、再深造提供良好機會；為行業內相關單位與學校科研技術合作搭建廣闊平臺。

　　大連海事大學工商管理碩士（MBA）專業學位教育是以“鮮明的港航、交通、物流特色培養基地”為定位，適應國際化經營和我國工商企事業發展需要，特別是港航企事業發展需要的特色教育。學院以現代經濟理論和管理理論為基礎，立足社會經濟變化和行業發展需要，將課程學習和管理實踐相結合，根據企業人才培養戰略的布局進行合理規劃，培養掌握市場經濟的一般規律，具有國際視野、創新思維和開拓精神以及良好職業道德的高素質復合型管理人才。

　　大連海事大學公共管理碩士（MPA）專業學位教育始終堅持行業發展特色，以滿足交通行業發展對高級管理人才的實際需求為辦學方向，秉承“建立科學完善的課程體系；運用提升能力的教育方法；堅持中國特色的價值取向；貫徹立足實踐的培養宗旨”的教育理念，以“培養一流的公共管理人才，推進交通運輸管理的現代化”為目標，與交通、海事、港航系統的相關單位展開密切合作，為交通運輸管理部門培養高層次、復合型、應用型人才。

　　專業學位教育學院辦學目標明確、起點較高。學院集中了學校優勢學科的優秀師資同時，還聘請了百余名優秀企業家、政府官員和專業學位教育專家作為客座教授和實踐導師；學院擁有廣東海事局、福建海事局、天津海事局、天津港等十余個交通運輸行業的社會實踐基地；學院的管理團隊全部是博士、碩士研究生畢業。新的歷史時期，專業學位教育學院將全面貫徹落實國家、省部、學校關于專業學位教育的各項方針、政策與相關規定，以提高辦學質量為核心，以創新管理為驅動，推動MBA、MPA專業學位向品牌化、規范化、特色化、現代化、國際化方向發展，努力打造專業學位教育品牌，為國家和交通運輸行業培養出越來越多的高層次、復合型、應用型人才。