學院以數理科學與生物醫學交叉為特色，形成了新興的教學科研實體。幾年來，在全院師生的共同努力下，學院發展突飛猛進。2004年3月設立生物信息學系；2005年成為校重點學科；2006年成為省重點學科；2006年獲批生物學一級學科博士點和生物醫學工程一級學科碩士點；2007年成立生物信息科學與技術學院；2010年獲批生物醫學工程一級學科博士點；2011年，生物醫學工程和生物學兩個一級學科均被評為黑龍江省一級學科重點學科。

　　學院現有生物信息學、統計遺傳學、系統生物學、生物數學、生物醫學軟件工程、生物物理學、藥物基因組學7個教研室、生物信息學開放實驗室、生物信息學中心、生物信息學大學生創新教育基地。學院現有教師76人，其中教授10人，副教授14人，擁有博士生導師5人，碩士生導師19人。畢業博、碩士研究生150余人、本科生600余人，在讀博、碩士研究生112人，本科學生460余人。科研水平突出，人才培養質量優異，已經成為國內最大規模的生物信息學與系統生物學科研、教學團體之一。

　　學院是一支銳意進取、勇于創新的教育科研團隊，有著雄厚的研究基礎和實力，先后承擔各類科研項目百余項（其中國家級科研項目37項），主持和參加國家863計劃項目4項（主持2項、副組長1項、參加1項）、973子課題和前期項目各1項、國家自然科學基金項目30余項、省科技攻關重大/重點/杰青項目3項，累計科研經費達到三千余萬元。2001年以來，獲得中華醫學科技獎2項、黑龍江省自然科學獎4項，黑龍江省高校科技一等獎3項，發表SCI學術論文180余篇，累計SCI影響因子超過500點；出版國家規劃教材《生物信息學》（主編單位）、衛生部規劃教材《醫用高等數學》（主編單位）、衛生部規劃教材《衛生管理運籌學》（副主編單位）等重要學術專著、教材10余部。

　　學院與美國、加拿大、澳大利亞和香港等國家和地區的著名大學、研究所建立了密切的學術交流與合作關系。每年都請進或派出專家學者互訪，派出青年教師和研究生參加國際學術會議和交流并做專題報告。

　　學院是國內開展生物信息學與計算系統生物學的單位這一，自2001年收碩、博士研究生，2003年招收生物信息學專業本科生，是國內最早開設生物信息學本科專業的醫科院校。經過多年的建設，哈爾濱醫科大學生物信息科學與技術學院開設生物學和生物技術（生物醫學軟件工程方向），人才培養特色鮮明，課程體系獨樹一幟，形成了從本科生、碩士生、博士生多層次的教學體系，為國家培養了一大批優秀的計算生物學才。

　　該院已向社會輸出了急需的生物信息學、生物醫學軟件工程專業人才近700余名（博士、碩士、學士），受到了專業領域和應用領域的廣泛歡迎。從2001年至今生物信息學專業碩士、博士畢業生一直供不應求，2008年我院首屆95名生物信息學專業本科畢業生一次性就業率高達96.84%。國內眾多高校與科研院所連年接受哈爾濱醫科大學生物信息學專業畢業生作為業務骨干從事生物信息學教學與科研工作，極大地推進了我國生物信息學領域的研究與應用。