哈爾濱醫科大學基礎醫學院設有國家理科（醫藥學）基礎科學研究和教學人才培養基地、衛生部俄語培訓中心、基礎醫學和生物學兩個一級學科博士授權點、基礎醫學和生物學兩個博士后流動站、黑龍江省生物醫藥工程重點實驗室－省部共建國家重點實驗室培育基地、黑龍江省醫學分子生物學重點實驗室、黑龍江省普通高校醫學細胞生物工程重點實驗室、黑龍江省普通高校BSL-3重點實驗室、；下設一個學部、十六個教研室，五個實驗技術教學中心，其中包括十二個博士授權點、十三個碩士授權點和七個省級重點學科。黑龍江省基礎醫學研究所設有十二個研究室。

　　在教學上學院堅持基礎醫學與臨床實踐相結合、計算機數理化與基礎醫學相結合、理論與實踐相結合的原則，注重加強學生動腦、動手能力的培養，建立了行之有效的《7年制學生科研能力培養的模式》。以學生綜合素質培養為中心的教學改革，多次獲得國家和省的優秀教學成果獎。近年來，學院承擔“世界銀行貸款的21世紀初高等教育教學改革項目”2項，《理科基地基礎醫學PBL教學法的研究與實踐》和《實驗教學研究和實踐》都已結題，通過國家教育部驗收。《創建優秀理科基地，高層次培養基礎醫學人才》獲國家教學成果二等獎。

　　經過建設與發展，基礎醫學院的課程設置更加合理，師資隊伍建設水平明顯提高，總體實力明顯增強，保證了教學質量，并形成了適應現代醫學教育實際需要的課程體系和行之有效的教學管理與運行模式。

　　多年來，在學科建設和師資隊伍培養上，學院堅持“加速培養，大膽使用”的原則，使一批學術點加快建設、積極發展，一批國內外有突出成就的科技骨干快速成為學科帶頭人。在科學研究方面，他們加強了基礎理論與應用基礎的研究。主攻方向是人類基因組計劃、腫瘤病理與遺傳學研究、干細胞的培養與應用研究、腫瘤相關病毒及嗜神經病毒的分子生物學研究、生物大分子結構與功能研究、心肌缺血再灌注損傷與保護機制的研究、生殖內分泌研究、痛與鎮痛的神經電生理研究、膜通道的研究、淋巴管研究和移植免疫研究等方面的研究。十五期間，基礎醫學學院承擔科研項目223項，總資助金額為1633.1萬元。其中國家“973”課題1項,“863”課題2項，國家自然科學基金21項，省、部級課題46項，廳、局級課題147項，其它課題6項。另外，學院還承擔國際合作項目26項，橫向合作課題24項。學院科技開發事業與科技成果轉化工作正處在發展之中，新生物技術公司等經濟實體已取得了較好的經濟效益和社會效益，促進學院教學和科研工作全面發展。