農學院成立于1996年，是東北農業(yè)大學骨干學院之一。農學院前身是1948年東北農學院建院時成立的三系之一 —— 農藝系（后改為農學系），招收農學專業(yè)學生，王金陵教授任首任系主任。1956年增設了土地整理專業(yè)并招生。1958年2月，土地整理專業(yè)從農學系分出成立土地規(guī)劃系。1958年農學系在農學專業(yè)基礎上又增設了果蔬、植物保護、土壤農化3個專業(yè)并招生。1976年園藝專業(yè)從農學系分出，建立園藝系。1985年農學系增設農業(yè)教育專業(yè)專科三年，1988年省教委批復成立農業(yè)教育推廣系，從農學系分出，開始單獨招生。1989年，植保專業(yè)從農學系分出，建立了植保系。1990年，農學系在招收本科學生基礎上，經省教委批準招收農學專業(yè)專科生，至1995年最后一屆招生。1994年農學系設立農業(yè)環(huán)境保護專業(yè)并招生。1996年6月，學校決定由農學系、園藝系、植保系三系合并組建農學院。2000年10月，農學院又一分為三：園藝系分出建立園藝學院；土壤農化系、農業(yè)環(huán)保系、農業(yè)氣象教研室、農業(yè)生態(tài)教研室、農業(yè)微生物教研室從農學院分出組建資源與環(huán)境學院；原隸屬于農學院的實驗站劃分到學校，成立東北農業(yè)大學植物類實驗實習基地。余下各系成立農學院，2003年設立生物技術（植物）專業(yè)，共招生5屆，2009年成立種子科學與工程專業(yè)，2010年開始招收植物生產類撥尖人才培養(yǎng)班，2015年開設植物科學與技術專業(yè)，2016年開設農學專業(yè)本碩博連讀班。

　　   農學院現(xiàn)有農學、植物保護、種子科學與工程、植物科學與技術4個系，農學、植物保護2個教學實驗中心，院辦公室和輔導員辦公室。擁有大豆生物學教育部重點實驗室、省部共建有害生物防治基礎實驗室、農業(yè)部北方大豆生物學與遺傳育種重點實驗室、農業(yè)部東北地區(qū)作物栽培科學觀測實驗站、植物科學與技術國家級實驗教學示范中心、東北農業(yè)大學——黑龍江省農業(yè)科學院綏化分院農科教合作人才培養(yǎng)國家級大學生校外實踐教育基地、東北農業(yè)大學黑龍江省農業(yè)科院耕作栽培研究所全國農業(yè)碩士專業(yè)學位研究生實踐教育示范基地、黑龍江省寒地作物品種改良與生理生態(tài)重點實驗室、黑龍江省農學實驗教學示范中心、黑龍江水稻區(qū)域技術創(chuàng)新中心。農學院擁有校作物品質分析中心、大豆研究所、玉米研究所、水稻研究所、小麥研究所、馬鈴薯研究所、農藥研究所、經濟與雜糧作物研究中心。農學院是全國馬鈴薯專業(yè)委員會掛靠單位，《中國馬鈴薯》雜志承辦單位和黑龍江省植物病理學會掛靠單位，國家農業(yè)部農藥登記田間藥效試驗認證單位，農業(yè)部除草劑活性室內檢測資質單位。

　　  農學院擁有作物學博士點和植物保護碩士點省級重點一級學科，作物學下設作物遺傳育種學、作物栽培學與耕作學、種子科學與工程、作物生理與生態(tài)4個二級學科和作物學博士后流動站。植物保護下設農業(yè)昆蟲與害蟲防治、植物病理學、農藥學、雜草學4個二級學科。作物遺傳育種學、作物栽培學與耕作學是二級博士點學科，其他均為碩士點學科。作物學是綠色食品生產與加工和新型農業(yè)裝備制造產業(yè)黑龍江省重點學科群組成部分。作物遺傳育種學、作物栽培學與耕作學、植物病理學、農業(yè)昆蟲與害蟲防治和農藥學學科是黑龍江省省級領軍人才梯隊，作物遺傳育種學科還是黑龍江省特聘教授崗位學科，2012年遴選為黑龍江省“535工程”第二層次省級領軍人才梯隊。“大豆遺傳育種與分子設計”遴選為教育部創(chuàng)新團隊。2015年楊德光和張淑珍教授分別帶領的“玉米非生物逆境生理與調控創(chuàng)新團隊”和“大豆抗病遺傳育種團隊”獲第二批農業(yè)科研杰出人才及其創(chuàng)新團隊”

　　  農學院現(xiàn)有在職教工116人，博士學位教師86人，正高職36人，副高職41人。博士研究生導師31人，碩士研究生導師57人。其中國務院特殊津貼獲得者3人、國務院學位委員會學科評議組成員1人，全國專業(yè)學位研究生教育指導委員1人，教育部高等學校教學指導委員會植物生產類教學指導委員會委員1人，世界大豆研究會執(zhí)行委員會委員和北美大豆遺傳委員會執(zhí)行組成員及中國作物學會大豆專業(yè)委員會副理事長1人，中國作物學會馬鈴薯專業(yè)委員會秘書長1人，兼職院士2人，科技部中青年領軍人才1人，農業(yè)部現(xiàn)代農業(yè)產業(yè)技術體系崗位科學家3人，農業(yè)科研杰出人才2人，龍江學者3人，教育部新世紀人才基金獲得者2人，黑龍江特殊津貼獲得者2人、黑龍江省杰出青年基金獲得者3人，香江學者1人，黑龍江省二級教授6人，黑龍江省長江學者后備支持計劃獲得者2人，黑龍江省新世紀人才4人，黑龍江省教育廳骨干教師8人，黑龍江省普通高等學校青年創(chuàng)新人才2人。東農“杰出學者”2人、“學術骨干”8人、青年才俊8人。

　　  “ 十二五”以來，學院承擔國家轉基因生物新品種培育重大專項、國家973計劃、國家863計劃、國家科技支撐計劃、國家攻關課題、國家自然基金、現(xiàn)代產業(yè)技術體系崗位專項及省部級科研課題170余項，研究經費達1.1億元。獲國家科技進步二等獎1項，黑龍江省科技進步一等獎2項、二等獎5項，教學成果獎3項。獲發(fā)明專利40項，審定品種30余個，品種保護權8個，制定行業(yè)標準2部，發(fā)表論文700余篇，其中SCI收錄100余篇，出版學術專著32部。