南方醫科大學藥學院是原第一軍醫大學轉制移交廣東省后，于 2005 年 6 月成立。2010 年 1 月始，學院全面試行學術負責人制（PI制），2014 年 9 月，成為南方醫科大學首批兩個“試點學院”之一。

　　學院秉承“創新引領發展，特色成就卓越”的理念，以特色內涵建設、教學模式改革、多元協同創新發展以及體制機制創新“四位一體”的改革目標為使命，更新理念，整合資源，匯聚人才，為躋身中國高校最優秀的藥學院行列而奮斗。目前，學院設有 8 個創新群體，1 個本科教學工作部，4 個本科學系、9 個教學團隊、3 個支撐中心。擁有藥學一級學科博士后科研流動站，藥學一級學科博士、碩士學位授權點，藥學碩士專業學位授權點以及藥學（四年制）和臨床藥學（五年制）兩個本科專業。藥學專業為國家首批一流本科專業建設點，廣東省名牌特色專業。學院建有全國藥學專業學位研究生培養示范基地、廣東省高等學校藥學化學實驗教學示范中心、廣東省藥學化學虛擬仿真實驗教學示范中心。藥學專業為廣東省名牌特色專業，2019 年獲批國家首批一流本科專業建設點，2019 年 10 月以新標準首家通過藥學專業認證。2017 年教育部第四輪學科評估中，藥學學科在參評的 105 所高校中排名第 21 位；2020 年 7 月學院藥理毒理學科進入ESI排名全球前 0.3 %，2020年 5 月學院化學學科進入ESI排名全球前 1 %。學院現有廣東省新藥篩選重點實驗室、廣東省新藥篩選國際聯合實驗室、廣東省國際科技合作基地、廣東省特殊膳食用食品研究生物醫學創新平臺、廣東省保健食品新功能和安全性評價工程技術研究中心、廣州市新發病毒防治藥物研究重點實驗室、藥學實驗中心和仿制藥一致性評價中心等重點科研平臺。

　　藥學院師資隊伍實力雄厚，朝氣蓬勃，結構合理。現有正式在編人員 102 人，專任教師 81 人，以中青年教師為主體。其中：正高 32 人，副高 37 人，中級 12 人，博士生導師 23 人，碩士生導師 30 人，具有博士學位教師占專任教師總數 90.12 %，具有留學背景的教師占比 53.09 %。擁有國家杰出青年科學基金獲得者 1 人，科技部“中青年科技創新”領軍人才 1 人，“百千萬人才工程”國家級人選 2 人，國家重大人才工程青年學者 1 人，國家優秀青年人才 2 人，教育部“新世紀優秀人才”1 人，享受政府特殊津貼者 2 人，“中國政府友誼獎”獲得者 1 人，廣東省醫學領軍人才 1 人，廣東省“珠江學者”特聘教授 1 人，廣東省“珠江學者”講座教授 2 人，廣東省“青年珠江學者”3 人，南粵優秀教師 3 人，廣東省特支計劃“百千萬工程”領軍人才 2 人，廣東省特支計劃“百千萬工程”青年拔尖人才 2 人，廣東省“千百十工程”國家級培養對 2 人，廣東省“千百十工程”省級培養對象 2 人，廣東省“優秀青年教師培養計劃”7 人，廣東省“珠江人才計劃”青年拔尖人才 2 人，廣州市“珠江科技新星”12 人，學校教學名師 5 人，學校本科教學優秀教師 2 人，學校優秀教師 10 人。有多名教師在國內外學術團體任職，包括中國藥理學會抗炎免疫藥理專業委員會主任委員、廣東省藥理學侯任理事長、教育部藥學專業教學指導委員會委員等。

　　近十年來，學院先后承擔了國家“973”計劃項目、國家自然科學基金重點項目、國家新藥創制重大科技專項、國家艾滋病重大科技專項、粵港關鍵領域重點突破招標項目、教育部重大項目培育基金等國家、教育部、省市級課題 419 余項，研究經費達 2.3 億元。在Lancet, Nat Rev Microbiol, Blood, Angew Chem Int Ed、Adv Sci、Adv Materil、J Med Chem、Brit J Pharmacol等國際著名期刊上發表了SCI論文 700 余篇，申請和獲得了國家發明專利、國際PCT專利 200 余項，其中授權近 100 項。獲廣東省科技進步二等獎 1 項，三等獎 1 項，參與獲得國家科技進步二等獎 1 項，教育部科學研究優秀成果獎一等獎 1 項，廣東省科學技術一等獎 1 項，中華中醫藥學會科技一等獎 1 項。獲廣東省教學成果二等獎 1 項，國際教育改革項目 3 項，各級教學研究項目 129 項，獲教學成果獎 13 項。