水產學院的辦學歷史可追溯到創建于1935年的廣東省立高級水產職業學校設立的漁撈科、養殖科，是1997年1月湛江水產學院與湛江農業專科學校實行實質性合并組建湛江海洋大學后學校設立的首批二級學院之一。2005年，學院隨學校更名為廣東海洋大學水產學院。

　　學院下設水產養殖系、海洋漁業系、海洋生物系和水生動物醫學系；擁有水產養殖學、海洋漁業科學與技術、生物科學和水生動物醫學4個本科專業；具有水產

　　博士學位點及農業碩士（漁業發展領域）專業學位點。水產一級學科是廣東省攀峰重點學科和“珠江學者”設崗學科，2015、2018年連續入選廣東省高水平大學重點建設學科。以水產為主要依托的植物學與動物學學科進入ESI全球排名前1%；以“水產”為主要依托的“獸醫學”學科進入“軟科世界一流學科排名”，在國內海洋類高校中排名第二。水產養殖學是教育部第一批卓越農林人才培養計劃試點專業、國家級一流專業建設點、國家級特色專業、省級名牌專業，海洋漁業科學與技術為國家級特色專業、省級一流專業建設點。

　　學院共擁有27個國家、省（部）、市（廳）級教學科研創新平臺（基地），包括國家級實驗教學示范中心1個，廣東省重點實驗室1個，廣東省發改委工程實驗室1個，廣東省農業創新中心3個及農業部實驗室2個等。實驗室總面積20000m2，儀器總值12000余萬元。

　　學院目前有教職工119人，其中專任教師95人，具有博士學位教師87人，一年以上國（境）外訪學教師42人；正高職稱41人、副高職稱39人；博士生導師42人，碩士生導師68人。聘任講座教授5人，客座教授1人。擁有全國模范教師、教育部新世紀人才、廣東省教學名師等省級高層次人才27人。建有9個特色鮮明的科研團隊，其中5個科研團隊被遴選為廣東省創新團隊。

　　學院建有省級精品課程10門，省級研究生示范課程7門，校級精品開放（在線）課程19門。近5年獲得省級教育教學成果一等獎3項，校級教學成果特等、一、二等獎16項，5個教學團隊獲評為省級優秀教學團隊。現有學生1658人，其中本科生1341人，碩士270人，博士生36人，留學研究生11人。近5年畢業生平均就業率均在98%以上，學生參加創新創業、水產技能、水族箱造景技能等各類競賽獲省級以上獎勵140多項，授權國家發明專利2件，實用新型專利8件。

　　近5年，學院承擔國家級等各級各類科研項目382項，總經費2.3億元；發表論文1000余篇，其中三大索引收錄300余篇，主編（參編）教材、專著10余部；授權專利78件，科研獎勵32項，其中省部級獎勵10項；獲批國家級水產新品種馬氏珠母貝“海選1號”和凡納濱對蝦“興海1號”。對蝦種苗繁育及養殖、海水名貴魚類的種苗繁育及養殖、海水魚類病害防治、安全優質高效飼料、珍珠貝養殖及育珠、南海漁業資源養護與可持續利用等領域的研究達到了國際先進、國內領先（或先進）。科技成果的廣泛推廣應用，推動了我國南方漁業可持續發展，取得了顯著的經濟效益和社會效益，服務脫貧攻堅與美麗鄉村建設的國家戰略。

　　學院重視對外交流與合作，與美國東卡羅萊納大學、澳大利亞迪肯大學等20余所國（境）外高校及中山大學、中國海洋大學、中國科學院、中國水產科學研究院等40多所國內高校、科研院所在人才培養和科學研究方面保持合作，建立長期的學術交流與協同育人機制。與中國水產總公司、通威股份公司、海大集團、恒興集團、利洋集團、大北農集團、海茂投資公司、威浪仕公司、鮪豐水產公司、等國內外著名企業進行科技創新和人才培養合作，引領產業創新、促進產業轉型升級，培養適應社會需求的高端漁業人才。