牧醫工程學院溯源于河南公立農業專門學校，1913年招收蠶科預科班學生，1914年設立蠶桑專業，1927年招收畜牧專業學生，1929年設立畜牧系，1930 年改為河南大學農學院畜牧系。抗戰期間，隨學校輾轉遷徙于鎮平、嵩縣。1939 年轉移并入陜西楊凌（武功）西北農學院。1949年河南大學重建，設農學院畜牧獸醫系。1952 年，在全國高校院系調整中，獸醫專業并入江西農學院，畜牧專業并入華中農學院。院系調整后，保留了畜牧獸醫教研室和動物教研室。1958 年學校恢復了畜牧專業，最初由農學系代管； 1959 年恢復畜牧獸醫系和畜牧專業招生，1960 年開始招收獸醫專業。1964 年畜牧獸醫樓竣工啟用，當時是全校唯一的系級教學樓。在國家剛剛度過三年經濟困難時期，投資裝備了畜牧獸醫系的生理生化、微生物與傳染病、病理幾個基礎與專業基礎實驗室，為加強這幾個學科的發展注入了寶貴的活力，為改革開放以后學院幾個碩士點和重點學科的建設奠定了基礎。

　　文化革命期間，畜牧獸醫系歷經商丘辦學（1969 年元月至 7 月），遂平下鄉（1969 年 11 月 -1971 年春），搬遷許昌（1974 年春 -1980 年）幾次動蕩，教學、科研蒙受重大損失，一大批骨干教師調離，招生先后中斷七年（1966、1967、1968、1969、1970、1971、1973 年）。

　　改革開放以后，學院由許昌搬回鄭州文化路校區，2017年搬遷至龍子湖校區，學院進入穩定全面發展階段。1972 年— 1976年招收畜牧獸醫專業，1977年— 1979年招收獸醫專業，1980 年恢復招收畜牧、獸醫兩個專業，1987年增加了衛檢專業招生，1988年又增加了營養專業，1993年撤系建院，更名為畜牧獸醫工程學院，1999年根據教育部新專業目錄，衛檢、營養專業停止招生，我院又申報了藥物制劑專業，2002年增加了生物工程專業，2003 年增加了草業科學專業，2004年增加了動植物檢疫專業，2005年增加食品質量與安全專業，2008年草業科學專業、食品質量與安全專業停止招生，動物科學（飼料與飼草方向）招生，2010年水產養殖專業招生，2010年生物工程專業升格為一本，2014年招收生物工程紹骙實驗班。

　　在改革開放各項政策的指引和國民經濟迅速發展的帶動下，牧醫工程學院從基礎設施到學科建設，從師資力量到專業設置都取得了長足的發展，研究生教育也得到不斷發展。1978年招收藥理學碩士研究生，1985年動物生理學、動物生物化學、微生物與傳染病學招收碩士研究生，1998年動物營養與飼料科學招收碩士研究生，2003年動物遺傳與繁殖學招收碩士研究生，2004年，3個在職碩士學位點獲得批準招生，2006年獲得畜牧學、獸醫學2個一級碩士學位授權學科，2011年草業科學獲得一級碩士學位授權學科。2003年獲得預防獸醫學博士點，2004年飼料作物生產與利用掛靠農學博士點招收博士生，2006年獲得動物營養與與飼料科學博士點，2011年獲得獸醫學一級博士學位授權學科。2008年、2009年分別獲得獸醫學、畜牧學博士后科研流動站。

　　百年來，學院共培養本科生 10000 多人，研究生1300多人。他們正辛勤工作在教育、科研、黨政、企業等行業，已經或正在做出出色的貢獻，為全面建成小康社會、實現中華民族偉大復興的中國夢在努力拼搏。