土木工程學院的前身為土木建筑工程系，成立于1958年。1998年8月，福州大學以土木建筑工程系為主成立土木建筑工程學院，2006年5月，分設建筑學院后，更名為土木工程學院。

　　歷經62年的建設，特別是近10多年來，學院的各項事業得到了高速的發展。學院現設有：建筑工程系、道路與橋梁工程系、水利水電與港口工程系、市政工程系、交通運輸工程系、工程管理系、軌道與地下工程系等7個系，有土木工程、水利水電工程、交通工程、交通運輸、給水排水工程、工程管理、港口航道與海岸工程等7個本科專業，其中土木工程為國家級特色專業、首批教育部卓越工程師培養試點專業和福建省重點本科高校服務產業特色專業。

　　學院擁有土木工程一級學科博士點和博士后流動站，設有：結構工程、橋梁與隧道工程、巖土工程、市政工程、供熱·供燃氣·通風及空調工程和防災減災工程及防護工程等8個二級學科博士點；擁有土木工程、水利工程2個一級學科碩士點，設有：工程力學、巖土工程、結構工程、市政工程、供熱·供燃氣·通風及空調工程、防災減災工程及防護工程、橋梁與隧道工程、水文學及水資源、水工結構工程、港口.海岸及近海工程、水工程安全與水災害防治、交通安全與災害防治工程、道路交通工程與災害防治13個二級學科碩士點以及建筑與土木工程、水利工程、工程管理3個工程碩士專業學位授權點。

　　學院擁有一支素質優良、年齡結構合理、學術水平較高的師資隊伍。現有教職員工202名，專任教學科研人員159名，其中教授（研究員）41名，副教授（副研究員、高工）75名，講師（助研）43名，具有博士學位的教師占教學科研人員的80%，具有海外經歷的教師占教學科研人員的56%。教師中現有國家級人才4人，教育部新世紀優秀人才支持計劃1名，享受國務院特貼專家5名，福建省杰出科技人才1名，福建省優秀人才1名，福建省科技創新領軍人才2名，福建省百千萬領軍人才3人，閩江學者特聘教授5名，閩江學者講座教授2名；福建省引進高層次人才“ABC”類人才4人；福建省委組織部引進生3人；福建省高校新世紀優秀人才支持計劃12名；福建省高校杰出青年科研人才培育計劃人選5人；旗山學者5名。

　　學院現有普通本一批學生2000余人，各類全日制博士、碩士研究生760余人。每年招收本一批全日制學生500名左右，全日制碩士生280名左右、博士生15名左右，工程碩士生50多名。建院以來，已為國家以及福建省培養了全日制博碩士研究生、本專科生以及其他層次的畢業生1.5萬余人。學院擁有結構工程研究所、橋梁與隧道工程研究所、巖土工程研究所、海西可持續工程結構與多災害防治協同創新中心、可持續與創新橋梁福建省高校工程研究中心、土木工程防震減災信息化國家地方聯合工程研究中心、先進土木工程材料研究中心等科研機構。學院現有“結構工程”國家重點(培育)學科、“土木工程新技術與防災減災”“211工程”國家重點學科建設項目，“可持續工程結構與防震減災”福建省優勢學科創新平臺、“土木工程”福建省特色重點學科和“土木工程”、“水利工程”福建省省級重點學科。還擁有工程結構福建省高校重點實驗室，土木工程多災害防治福建省重點實驗室，土木工程國家級實驗教學示范中心。

　　學院大力開展對外合作交流，與美國加州理工大學、加拿大曼尼托巴大學、意大利羅馬第三大學、意大利巴里理工大學、臺灣中央大學、臺灣海洋大學以及泰國素羅娜麗理工大學等多所高校開展了聯合辦學項目。 2016年學院成功入選國家首批“高校(地方)國際化示范學院推進計劃”項目。2018年學院土木工程入選福建省“雙一流”高峰學科建設學科。

　　在新的歷史時期，學院確立了走國際化、區域特色和一流學科建設之路的辦學理念，正努力朝著建設特色鮮明的高水平國際化示范學院的目標努力奮進！