能源學院是在能源研究院的基礎上發展起來的。能源研究院成立于2007年9月，它以國家能源科技重大需求和海峽西岸經濟發展為導向，通過整合、引進、提高，建成我國一流的集人才培養、技術研發和技術轉移于一體的新能源基地。2013年初，能源研究院新設本科專業“新能源科學與工程”獲得教育部備案批準，2013年5月，廈門大學決定成立能源學院。能源研究院保留名稱，作為能源學院的所屬研究機構。2013年9月，第一屆“新能源科學與工程”新生入學。

　　能源學院依托廈門大學985工程重點建設的“潔凈能源科學與工程平臺”，已初步建立了一支從事能源研究的高水平專家隊伍，包括3位院士、3位國家杰出青年基金獲得者、30多位教授。擁有核工程與材料、能源化工、光伏工程、能效工程和能源經濟等5個博士點，新能源科學與工程本科專業。在廈門大學翔安校區擁有1.3萬平方米的教學科研樓和工程開發大樓。

　　能源研究院是能源學院執行科技研發和技術轉移、成果轉化的機構，下設核能研究所、化學能源研究所、生物能源研究所、太陽能研究所和能效工程研究所，擁有海西核能工程技術中心，廈門市農產品高值化與生物能源科技創新平臺、福建省新能源產業技術開發基地等科技研發平臺，主導發起成立的新能源產業聯盟（福建省新能源科技產業促進會）會聚了100多家新能源企業、研究機構、銀行和產業資本，已成為政府與企業之間、企業與企業之間、企業與研發機構之間、企業與資本之間的交流合作平臺。核能研究所開發的“核電實時信息網”已成為業內主流網站之一，正在興建世界一流的“多離子束加速器與透射電子顯微鏡聯機設施實驗室”。

　　能源學院將通過人才引進與人才培養，造就一批在清潔化學能源、核能、太陽能與風能、生物能源、能源經濟、能效工程等領域的高水平研究人員和工程專家，從事高水平能源科學研究與工程技術開發，建成為國內一流的新能源技術開發基地和產業化示范基地，為我國的能源可持續發展提供重要支撐。