數學科學學院的前身數學系于1958年由著名數學家華羅庚教授親自主持創辦并任首任系主任，關肇直、吳文俊、馮康、龔昇、王元、萬哲先、陸啟鏗、石鐘慈、林群、張景中、陳希孺等一大批知名專家曾在此任教。2011年5月，數學科學學院正式掛牌成立，首任院長為馬志明院士。本院為首批全國理科人才培養基地、中國科學院博士生重點培養基地、長江學者特聘崗位設置學科，并獲得首批數學一級學科博士學位授予權（涵蓋數學所有博士點）,2007年獲首批一級重點學科，是教育部985、211工程、中科院知識創新工程建設學科。為吸引高水平的學者來我院講學，學校為本院設立了“華羅庚大師講席”及“吳文俊大師講席”。

　　師資隊伍

　　  經過五十多年的艱苦創業, 現已形成一支力量雄厚, 結構合理的師資隊伍。本院現有教授41人，副教授34名，其中包括4位長江學者、8位杰出青年基金獲得者。年輕學者均具有國內外博士學位，形成了求實創新的治學風格，培養了一大批出類拔萃的人才，取得了很多高水平的研究成果。

　　科研成果

　　  自九十年代以來，本院共獲國家自然科學獎三等獎兩項，中科院自然科學成果一等獎三項、二等獎兩項，教育部科技進步一等獎一項，國家級教學成果二等獎兩項。數學研究所經中科院批準，成立于1983年。2010年成立了國家數學與交叉科學中心合肥分中心和吳文俊數學重點實驗室，主要任務是從事數學理論與應用等方面的研究。

　　學生培養

　　  五十多年來，中國科大數學科學學院培養了一大批杰出人才，其中包括兩位中科院院士，一位第三世界科學院院士，六十多位在海外著名高校工作的數學家，二十多位長江學者、國家杰出青年基金獲得者。本科人才培養的指導思想是：打好基礎、淡化專業、提高素質，培養具有良好數學素養和創造性才能的從事數學研究和應用的優秀人才。為此，本院注重加強基礎課的教學，同時開展數學建模與數學實驗等多種教學和實踐活動，培養學生具有扎實基礎和綜合運用數學與計算機知識解決實際問題的能力。2009年起，本院和中科院數學與系統科學研究院聯合創辦了數學本科生試驗班―華羅庚班，利用雙方優勢資源，共同培養世界級的精英數學人才，“華羅庚班”每年從本院和少年班學院新生中選拔30人左右。多年來, 本院畢業生遍布海內外，他們中有的已成為有影響的數學家，有的憑借自身的深厚數學功底，走進計算機、信息、經濟等應用領域并做出突出成績。每年的畢業生中，約50%左右獲得美國或歐洲著名大學的全額獎學金，繼續攻讀博士學位；約30%被保送到中科院相關院所或國內大學，攻讀碩士或博士學位。