生物工程學(xué)院前身為輕工業(yè)工程系，始建于1981年，是浙江省第一個(gè)和全國(guó)較早設(shè)立生物工程學(xué)科和專業(yè)的學(xué)院。學(xué)院歷經(jīng)輕工業(yè)工程系、生物與環(huán)境工程學(xué)院，2015年9月成立生物工程學(xué)院。現(xiàn)有生物工程和生物技術(shù)2個(gè)本科專業(yè)，生物工程一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，生物化工、微生物學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)3個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，生物與醫(yī)藥領(lǐng)域?qū)I(yè)學(xué)位碩士點(diǎn)，生物化工博士點(diǎn)，已形成本科—碩士—博士完整的人才培養(yǎng)體系。

學(xué)院下設(shè)酶與生物催化工程研究所、微生物與發(fā)酵工程研究所、生物制藥與生物材料研究所、合成生物技術(shù)研究所和生物資源與生物環(huán)保研究所5個(gè)研究所，現(xiàn)有教職工93人，其中中國(guó)工程院院士2人，具有高級(jí)專業(yè)技術(shù)職務(wù)的教師52人，具有博士學(xué)位和海外留學(xué)、工作經(jīng)歷的專任教師分別達(dá)到90%和50%以上。聘用海外知名高校的客座教授20余人。目前在校本科生500余人，碩、博研究生400余人。辦學(xué)40年來(lái)，學(xué)院已培養(yǎng)畢業(yè)生3000多人，一大批畢業(yè)生在海內(nèi)外高等學(xué)校、科研院所、政府機(jī)關(guān)、企事業(yè)單位擔(dān)任了重要的管理和技術(shù)職務(wù)，為經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展做出了突出的貢獻(xiàn)。

學(xué)院建有手性生物制造國(guó)家地方聯(lián)合工程研究中心、國(guó)家“2011計(jì)劃”長(zhǎng)三角綠色制藥協(xié)同創(chuàng)新中心生物制藥中心、國(guó)家化學(xué)原料藥合成工程技術(shù)研究中心生物制藥中心、綠色化學(xué)合成技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地生物合成技術(shù)實(shí)驗(yàn)室、可再生資源利用與加工國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、教育部生物轉(zhuǎn)化與生物凈化工程研究中心、浙江省生物有機(jī)合成技術(shù)研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)石油和化工行業(yè)藥用化學(xué)品生物催化重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、浙江省手性生物制造工程實(shí)驗(yàn)室、生物基礎(chǔ)浙江省實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心等一批國(guó)家級(jí)、省部級(jí)教學(xué)與科研平臺(tái)。學(xué)院擁有全國(guó)高校黃大年式教師團(tuán)隊(duì)、“生物催化與微生物發(fā)酵”浙江省首批重點(diǎn)科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，同時(shí)是“生物凈化和生物轉(zhuǎn)化”教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)、“三藥”浙江省創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)的主要成員。

生物工程一級(jí)學(xué)科列入浙江省重中之重學(xué)科、浙江省“一流學(xué)科建設(shè)計(jì)劃”（A類）和浙江省“重點(diǎn)高校建設(shè)計(jì)劃”第一批重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科。生物工程專業(yè)是國(guó)家一流專業(yè)、國(guó)家特色專業(yè)和浙江省優(yōu)勢(shì)專業(yè)，通過(guò)了中國(guó)工程教育專業(yè)認(rèn)證協(xié)會(huì)組織的工程教育認(rèn)證。生物技術(shù)專業(yè)是浙江省一流專業(yè)和浙江省新興特色專業(yè)。《微生物學(xué)》、《生物工程設(shè)備》是國(guó)家精品課程和國(guó)家精品資源共享課，《生物鐘與健康》是國(guó)家精品視頻公開(kāi)課，《微生物學(xué)》、《生物化學(xué)》是浙江省精品在線開(kāi)放課程，《微生物學(xué)》、《生物化學(xué)》、《基因工程技術(shù)》、《生物工程設(shè)備》是浙江省精品課程。出版國(guó)家級(jí)規(guī)劃教材和省重點(diǎn)教材10余部。學(xué)生獲中國(guó)“互聯(lián)網(wǎng)+”大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽金獎(jiǎng)、“挑戰(zhàn)杯”中國(guó)大學(xué)生創(chuàng)業(yè)計(jì)劃競(jìng)賽金獎(jiǎng)、國(guó)際基因工程機(jī)器大賽（iGEM）金獎(jiǎng)、全國(guó)大學(xué)生生命科學(xué)創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽特等獎(jiǎng)等獎(jiǎng)項(xiàng)。

近年來(lái)，學(xué)院承擔(dān)了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃（973計(jì)劃）項(xiàng)目、國(guó)家高技術(shù)發(fā)展計(jì)劃（863計(jì)劃）項(xiàng)目、國(guó)家重大科技專項(xiàng)、國(guó)家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目、浙江省自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目、浙江省杰出青年基金項(xiàng)目和浙江省科技重大專項(xiàng)等國(guó)家級(jí)、省部級(jí)項(xiàng)目，同時(shí)也承擔(dān)了企業(yè)委托與合作開(kāi)發(fā)的重大產(chǎn)業(yè)化項(xiàng)目。發(fā)明專利申請(qǐng)數(shù)和授權(quán)數(shù)分列中國(guó)科學(xué)院《中國(guó)工業(yè)生物技術(shù)白皮書(shū)2019》第15和第11位，建成工業(yè)化生產(chǎn)裝置和生產(chǎn)線20多條。獲國(guó)家技術(shù)發(fā)明二等獎(jiǎng)2項(xiàng)、國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)、中國(guó)專利優(yōu)秀獎(jiǎng)1項(xiàng)、省部級(jí)科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)9項(xiàng)、省部級(jí)科學(xué)技術(shù)二等獎(jiǎng)3項(xiàng)、浙江省專利金獎(jiǎng)2項(xiàng)。

學(xué)院廣泛開(kāi)展對(duì)外交流與合作，已與美國(guó)、德國(guó)、日本、加拿大、澳大利亞、比利時(shí)等諸多海外院校建立了全面合作關(guān)系。

學(xué)院秉持“探索未知，激情求解”的院訓(xùn)精神，各項(xiàng)工作取得了令人矚目的成績(jī)，先后獲得了全國(guó)教育系統(tǒng)先進(jìn)集體、全國(guó)高校黨建工作樣板支部、浙江省高校先進(jìn)基層黨組織等稱號(hào)。學(xué)院教師榮獲何梁何利基金科學(xué)與技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)、中國(guó)首屆農(nóng)藥學(xué)科終身成就獎(jiǎng)、杜邦科技創(chuàng)新獎(jiǎng)、候德榜化工科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)、浙江省科學(xué)技術(shù)重大貢獻(xiàn)獎(jiǎng)、全國(guó)優(yōu)秀科技工作者、全國(guó)師德標(biāo)兵、浙江省功勛教師、浙江省優(yōu)秀教師等省部級(jí)以上獎(jiǎng)勵(lì)和榮譽(yù)30余人次。