2000年，在中國工程院院士沈寅初教授的倡議下，浙江工業大學藥學院開始組建并于2001年11月28日正式掛牌成立。2013年，依托學院為主體申報的“長三角綠色制藥協同創新中心”入選首批國家“2011計劃”。

學院以“天人合一，循理精煉”為院訓，以建設區域特色鮮明的應用研究型學院為目標，堅持特色發展、協調發展、國際化發展，在隊伍建設、人才培養、學科建設、科學研究、社會服務等諸方面實現了令人矚目的發展。

學院下設研究所10個，擁有專任教師108人，其中正高職稱教師37人，副高職稱教師45人，具有博士學位教師占專任教師的78.7%；教育部“長江學者特聘教授”1人，享受國務院政府特殊津貼2人，浙江省特級專家1人，浙江省有突出貢獻中青年專家1人，教育部“新世紀優秀人才支持計劃”1人，“錢江學者”特聘教授2人，浙江省高校中青年學科帶頭人7人，浙江省“新世紀151人才工程”28人。

學院擁有“藥學”省重中之重一級學科1個，“中藥學”、“化學生物學”省重點學科2個。2015年12月，藥學學科入選浙江省一流學科（A類）。學院擁有藥學一級學科博士授予權，下設藥物化學、藥劑學、藥理學、天然藥物學、藥物分析、微生物與生化藥學、化學生物學等七個學科方向，擁有制藥工程、藥學專業學位授予權；擁有制藥工程、藥物制劑、藥學、中藥學、生物制藥等五個本科專業，其中制藥工程為國家級特色專業、浙江省優勢專業，并通過教育部全國工程教育專業認證；藥物制劑為浙江省新興特色專業。

學院擁有國家化學原料藥合成工程技術研究中心、綠色化學制藥國家地方聯合工程實驗室、綠色制藥技術與裝備教育部重點實驗室、浙江省綠色制藥協同創新中心、浙江省新藥創制科技服務平臺、浙江省制藥科技創新基地等科研平臺。近年來承擔國家級及省部級科研項目150余項，獲國家技術發明二等獎1項，中國石油和化學工業協會科技進步一等獎4項，其他省部級科技獎30余項，發表三大索引學術論文600余篇，出版專著3部，授權發明專利400余項。