園藝與植物保護學院組建于2006年9月，學院的辦學歷史可追溯到1902年張謇先生創辦的通海農學堂。1971年開始開辦植物保護、果樹、蔬菜等本科專業，1982年在全國高校中最早將果樹、蔬菜專業合并，開設園藝本科專業，1987年增設觀賞園藝本科專業，2016年新增風景園林本科專業。

　　   學院現有教職工120余人，其中教授28人，副教授35人，博士生導師18人，碩士生導師100余人（含校外），45歲以下專任教師中95%以上有博士學位。現有植物保護、生態學、園藝、園林、風景園林等5個本科專業，其中植物保護專業是省級特色專業，園藝專業是省級品牌專業，園藝專業和植物保護專業是江蘇省"十二五"高校重點建設專業，園藝、園林專業是校級特色專業。學院面向全國10余省份招生，現有全日制在校本科生1100余人，博、碩士研究生近400人，有外國留學生數名，成教生400多人。

　　   學院擁有植物保護、園藝學2個一級學科博士學位授權點，及“植物病理學”、“農業昆蟲與害蟲防治”、“農藥學”、“蔬菜學”、“果樹學”、“觀賞園藝學”等8個二級學科博士學位授權點。建有植物保護、園藝兩個一級學科博士后流動站，植物保護學科是江蘇省“十三 五”重點學科，植物保護學科、園藝學科是校級重點學科。有植物保護、園藝學一級學科碩士點2個，二級學科碩士點8個。建有揚州大學水生蔬菜研究室省級研究機構，有揚州大學應用昆蟲研究所、經濟林研究所、風景園林設計與旅游規劃研究所、城市有害生物防治研究所、花卉研究所等5個校級研究機構，有植物保護、園藝與園林2個校級教學實驗室，有實驗農牧場、智能溫室等校內實習場所及中國農科院等校外實習基地20余個。

　　   學院一貫堅持理論聯系實際的優良傳統，在教學、科研、科技開發與科技成果轉化等方面具有鮮明的特色和優勢。學院開設的《昆蟲學》先后獲得國家級精品課程、國家共享精品資源課建設，《植物病理學》、《昆蟲學》2門課程被評為江蘇省級一類優秀課程。 近年來，新增國家級行業專項、國家自然科學基金等國家級項目100余項，省市級各類項目500余項，年均到賬科研經費2000余萬元。教學科研成果再創佳績，教師主編、參編出版的學術著作20余部，年均發表SCI、EI、ISTP論文近100篇，獲得專利授權40余項，制定行業標準30項，獲準新品種審定近20項。主持的一項科研成果獲教育部科技進步一等獎，2項科研成果獲國家科技進步二等獎（第3單位、第6單位各一項），有多項成果分獲全國商業聯合會科技進步一、二等獎和市廳級科技進步獎。近年來，學院共承擔省級、校級教改課題10余項，先后有30多項成果分獲各級教學成果獎。學院注重人才培養質量，多篇學生的畢業論文被評為省級、校級優秀論文，學生的作品先后榮獲全國大學生“挑戰杯”競賽三等獎、全省"創青春"大學生創業大賽銀獎等多項榮譽，學生就業率在98%以上。

　　   學院一直注重對外交流與合作，與中國科學院和中國農科院等科研單位有著密切的科研合作關系，并與美國、日本、澳大利亞、德國、荷蘭、香港、斯洛文尼亞等國家和地區建立了良好的合作關系。

　　 “十三五”期間，學院堅持以人才培養為根本，以學科建設為龍頭，教學與科研并重，不斷深化教育教學改革，加強學科建設和師資隊伍建設，積極開展學術研究與學術交流，注重理論與實踐相結合，服務社會經濟發展，努力把學院建設成為教學、科研、科技開發與社會服務協調發展的研究型學院，為把我校建設成為高水平研究型大學作出更大的貢獻。