南京醫科大學基礎醫學院的辦學歷史可以追溯到1934年建校初期，當時即已開設人體解剖學、藥理學、細菌學、寄生蟲學、病理解剖學、法醫學、醫學史等多門醫學課程。1958年初成立基礎醫學部。1994年更名為基礎醫學院。

　　   在一代代師生員工的共同努力下，學院得到了長足發展。尤其是近十年來，學院搶抓機遇，注重內涵建設，各項工作取得了顯著的成績。在2012年教育部全國第三輪學科評估中，基礎醫學一級學科排名全國第七。在2016年教育部全國第四輪學科評估中，基礎醫學一級學科獲B+等級（全國排名并列第八）。基礎醫學一級學科同時為江蘇高校優勢學科建設工程一期、二期和三期項目立項學科。

　　   目前，基礎醫學院下設13個學系、1個國家級實驗教學示范中心(基礎醫學)、1個國家級虛擬仿真實驗教學中心（基礎醫學）、1個分析測試中心和4個管理辦公室。現有2個一級學科博士點(基礎醫學、生物學)、2個博士后流動站、13個二級學科博士點、2個一級學科碩士點、13個二級學科碩士點；1個國家重點學科、1個國家重點(培育)學科、1個省一級學科國家重點學科培育建設點、1個省一級學科重點學科、1個省一級學科重點學科培育建設點；1個國家重點實驗室、1個部級重點實驗室、7個省重點實驗室和工程研究中心，擁有一批國內先進水平的科研基地和實驗技術平臺。

　　   學院聚集一批具有國際水準的高水平師資，截止2020年4月，學院有教職工342人，其中教師和專職研究人員224人。包括教授65人、副教授58人，博士生導師65人、碩士生導師107人。獲得國家杰出青年科學基金2人、“973”首席科學家3人、全國模范教師1人、全國優秀教師2人、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選2人、國家優秀青年基金4人，江蘇省特聘教授13人。

　　   學院擔負著全校本科生、研究生及繼續教育學生的基礎階段教學任務, 承擔各學制、各專業、各層次的基礎課、專業基礎課和部分專業課教學工作，開設40余門本科課程，每年完成教學任務約4萬學時。以“全面提升本科教育，探索推進新醫科建設”為總目標，學院師生積極進取，奮勇拼搏。學院擁有國家級教學團隊2個、江蘇高校“青藍工程”優秀教學團隊1個；擁有3門國家級精品課程，1門國家雙語教學示范課程，2門國家級精品資源共享課，1門國家級來華留學品牌課程，5門省級英文授課精品課程，2門省級高校在線開放課程立項建設課程。近五年，學院教師獲國家級教學成果獎二等獎1項，省級教學成果獎特等獎1項；主持各級教學改革課題96項，發表教學論文190余篇；主、參編100余部,其中國家級規劃教材10余部、省級重點教材立項2項。參與各類教學競賽、指導學生參加省級以上比賽取得了優異成績：獲江蘇省高校大學生創新訓練計劃立項項目81項；獲全國大學生基礎醫學創新論壇暨實驗設計大賽一等獎3項、二等獎6項、三等獎4項；2018年獲十一屆“創青春”全國大學生創業大賽銀獎1項；2019年獲首屆全國大學生基礎醫學實驗技能大賽團體及個人一等獎；2019年獲十六屆“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽二等獎1項。

　　   學院瞄準“國際知名、特色鮮明、水平一流”的目標，根據學科發展趨勢，整合學科資源，凝練研究方向，以高層次項目促學科發展，在生殖健康、心血管病、神經退行性疾病、代謝病、感染性疾病與免疫、腫瘤等6個研究方向取得了顯著成績。近5年來，學院獲得國家級項目205項，總科研經費18320萬元。其中，國家重點研發計劃項目(課題)9項；“重大新藥創制”科技重大專項1項；國家自然科學基金杰出青年基金項目1項，優秀青年科學基金項目2項，重大項目1項，重點項目4項。發表SCI論文836篇，其中在Circulation、Cell Res、Am J RespirCrit Care Med、Hepatology、Genome Biol、Nat Commun、Autophagy、J Hepatol、Nucleic Acids Res等權威學術期刊上發表高水平論文20篇。獲得教育部自然科學獎二等獎1項，江蘇省科技進步獎二等獎3項、三等獎2項。獲得發明專利44項、實用新型專利16項。

　　   學院設立基礎醫學和法醫學2個本科專業，每年招收本科生70人，學生就業率達95%以上。在院全日制研究生490人，其中博士115人，碩士375人。學院還承擔接受國內外訪問學者和培訓進修學員的任務。學院先后和美國、英國、德國、法國、奧地利、加拿大、日本、新加坡、香港等國家和地區高等院校、科研院所建立了長期合作關系，為學院的長期發展創造了良好的外部環境。

　　   學院全體教職工將繼續秉承“厚德博學，篤行創新”的院訓精神，堅持以學科建設為抓手，以制度創新為動力，以科學評價為導向，深化綜合改革，推動內涵建設，提升綜合實力，勵精圖治，攻堅克難，為助推國際知名、特色鮮明的高水平研究型醫科大學建設而努力奮斗!