馬克思主義學院成立于2018年12月，源于1988年成立的南京醫學院社科部，前身為醫政學院的思想政治教育學系和醫學人文學系。學院主要承擔全校大學生的思想政治理論課、人文素質教育教學以及相關學科建設任務。學院下設8個教研室、黨政辦公室、教學與科研管理辦公室、學科建設辦公室、教學督導中心和1個省級研究中心（江蘇省大學生心理健康教育研究中心（江寧基地））、3個校級中心（心理健康教育與研究中心、醫患溝通研究中心、醫學史研究中心）、5個院級中心（思想政治教育研究中心、馬克思主義理論教育研究中心、醫院思政與人文教研管理中心、生命倫理和法應用研究中心、醫學人文與醫院管理培訓中心）、1個校級法律事務室。

　　   學院現有教職員工42人，其中專職教師40人，包括教授6人，副教授18人，講師14人，助教2人；博士30人（含在讀），教師系列副高及以上職稱占60%。

　　   學院為全校本科、碩士及博士研究生開設共30余門課程。其中3門為校級精品課程，1門為省級精品課程，1門為校全英文精品課程，1門為國家精品視頻公開課，1門為全國醫學教育示范慕課，1門為全國醫科院校研究生院聯盟專業必修課。主編教材15本，1部為教育部“十一五”、“十二五”普通高等教育本科國家級規劃教材，1部為教育部“十二五”普通高等教育本科國家級規劃教材，2部為省級重點教材。

　　   學院成功申報國家社科基金6項，教育部人文社科基金項目6項，省級項目10余項，廳級項目30余項。出版專著17本。先后獲得江蘇省哲學社會科學優秀成果二等獎等教學科研及社會工作等各類獎勵。學院擁有思想政治教育校級重點學科，擁有思想政治教育二級學科碩士點和人文醫學交叉學科碩士點、博士點。

　　   學院以中國特色社會主義理論為指導，深入貫徹黨的教育工作方針和政策，堅持馬克思主義在高校意識形態領域指導地位和思想政治理論課的主渠道和主陣地，堅持醫學與人文融通的辦學理念，堅持把立德樹人融進教育教學全過程，抓住發展機遇，注重內涵建設，強化學院特色，全面提升學院教育教學、學科建設、科學研究等方面的整體水平與質量。