馬克思主義學院成立于2018年12月，源于1988年成立的南京醫(yī)學院社科部，前身為醫(yī)政學院的思想政治教育學系和醫(yī)學人文學系。學院主要承擔全校大學生的思想政治理論課、人文素質教育教學以及相關學科建設任務。學院下設8個教研室、黨政辦公室、教學與科研管理辦公室、學科建設辦公室、教學督導中心和1個省級研究中心（江蘇省大學生心理健康教育研究中心（江寧基地））、3個校級中心（心理健康教育與研究中心、醫(yī)患溝通研究中心、醫(yī)學史研究中心）、5個院級中心（思想政治教育研究中心、馬克思主義理論教育研究中心、醫(yī)院思政與人文教研管理中心、生命倫理和法應用研究中心、醫(yī)學人文與醫(yī)院管理培訓中心）、1個校級法律事務室。

　　   學院現(xiàn)有教職員工42人，其中專職教師40人，包括教授6人，副教授18人，講師14人，助教2人；博士30人（含在讀），教師系列副高及以上職稱占60%。

　　   學院為全校本科、碩士及博士研究生開設共30余門課程。其中3門為校級精品課程，1門為省級精品課程，1門為校全英文精品課程，1門為國家精品視頻公開課，1門為全國醫(yī)學教育示范慕課，1門為全國醫(yī)科院校研究生院聯(lián)盟專業(yè)必修課。主編教材15本，1部為教育部“十一五”、“十二五”普通高等教育本科國家級規(guī)劃教材，1部為教育部“十二五”普通高等教育本科國家級規(guī)劃教材，2部為省級重點教材。

　　   學院成功申報國家社科基金6項，教育部人文社科基金項目6項，省級項目10余項，廳級項目30余項。出版專著17本。先后獲得江蘇省哲學社會科學優(yōu)秀成果二等獎等教學科研及社會工作等各類獎勵。學院擁有思想政治教育校級重點學科，擁有思想政治教育二級學科碩士點和人文醫(yī)學交叉學科碩士點、博士點。

　　   學院以中國特色社會主義理論為指導，深入貫徹黨的教育工作方針和政策，堅持馬克思主義在高校意識形態(tài)領域指導地位和思想政治理論課的主渠道和主陣地，堅持醫(yī)學與人文融通的辦學理念，堅持把立德樹人融進教育教學全過程，抓住發(fā)展機遇，注重內涵建設，強化學院特色，全面提升學院教育教學、學科建設、科學研究等方面的整體水平與質量。