海洋科學與工程學院成立于2018年4月，通過整合地理科學學院海洋科學系和生命科學學院水產系成立。

　　海洋科學的歷史可上溯至金陵女子大學時期，中國第一位女海洋學家，被譽為中國“海的女兒”的劉恩蘭教授和同事們一起創辦了地理系，為海洋學科的萌芽和發展打下了基礎。上世紀八九十年代以來，劉澤純、謝志仁、張忍順等教授相繼開展了淤泥質海岸與岸外輻射沙洲岸灘演變研究、江蘇海岸帶調查、江蘇污染基線調查、潮波系統演化及海面變化過程與趨勢等方面的研究工作，形成了以海岸帶資源開發與管理、海洋信息技術研究為特色的海洋學科研究隊伍和研究方向。在科研的反哺下，科研優勢不斷轉化為教學優勢，2000年在地理學一級學科下設置海洋地理學碩士點，2002年設置海洋地理學博士點，2010年獲批海洋資源開發技術本科專業，2018年獲批海洋科學一級碩士點，2020年獲批海洋資源與環境本科專業。2017年海洋學科作為學科群成員進入地理學一流學科建設。

　　水產學科的起源與江蘇省特色水產養殖品種資源（長江三鮮-暗紋東方鲀）挖掘與利用密不可分。1996年為解決江蘇暗紋東方鲀資源化利用，南京師范大學聯合當時的江蘇省水產局、江蘇省淡水水產研究所和江蘇中洋集團科技攻關，水產學科就此起步并得到快速發展，并于1996年獲批水產養殖碩士點，2006年獲水產一級學科碩士授予權。水產學科是動物學國家重點學科、江蘇省優勢特色學科和江蘇省生物學品牌專業支撐學科之一，是江蘇省“水生甲殼動物病害重點實驗室”和“水產生物餌料重點實驗室”學科基礎，是南京師范大學十三五校級重點學科，也是南師大農學學科、動物學與植物學和環境科學進入ESI 1%的主要依托學科。經20余年建設，圍繞水產生物餌料與營養、甲殼動物病害防治和特色魚類資源化技術，形成了水產養殖學、水產動物醫學和漁業資源與環境三個穩定的學科方向。