食品科技學院源于1921年成立的國立東南大學農產制造門和1927年創辦的中央大學農產制造系、食品工業系，1985年學校在全國農業院校中率先成立了食品科學系，1996年成立了食品科技學院。2017年，食品科學與工程學科在教育部第四輪學科評估中獲評A類，進入前10%，位居全國第四位。

　　學院現擁有博士學位食品科學與工程一級學科授予權，1個博士后流動站，1個國家重點（培育）學科，1個江蘇省一級學科重點學科，1個江蘇省優勢學科，4個博士點，4個碩士點。設有食品科學與工程（國家特色專業）、生物工程（江蘇省特色專業）、食品質量與安全（江蘇省特色專業）3個本科專業。建有國家肉品質量安全控制工程技術研究中心、中美食品質量安全聯合研究中心等8個國家、部省科研平臺。國家一級學會中國畜產品加工研究會掛靠學院。

　　學院現有在職教職工104人，在校本科生750余人，全日制研究生近500人。專任教師中教授28人，副教授28人，具有博士學位人員達到90%以上，具有海外學習經歷者近60%，1人當選國際標準化組織“肉禽魚蛋及其制品委員會”（ISO/TC34/SC6）主席，2人先后擔任國際著名期刊《Meat Science》副主編，30余名教師在國內外學術團體中擔任理事長、副理事長等相關職務。“十一五”以來，學院先后承擔和完成國家、部省級課題180余項，榮獲國家科技進步二等獎1項、部省級科技成果獎30余項，為學校“農業科學”進入全球前1‰和“生物與生物化學”進入全球前1%做出重要貢獻。

　　學院以培養“中國情懷與世界眼光兼具、專業知識與綜合素質過硬、創新精神與實踐能力突出”的食品行業領軍人才和高級專門人才為目標，先后培養畢業生5000余名，產生了一大批科學家、企業家和管理專家，為中國食品產業現代化和食品安全管理做出了積極貢獻。學院依托中美食品質量安全聯合研究中心、111引智計劃等，先后與美國康奈爾大學、密西根州立大學、加州大學DAVIS分校、英國雷丁大學、法國里爾科技大學、法國巴黎高科、韓國慶北大學等海外知名大學聯合培養人才和科研合作，具有廣泛的國際聲譽。

　　學院先后與雨潤集團、蘇食集團、南京桂花鴨集團、溫氏集團、中糧集團、新希望六和集團、正大集團、南京衛崗乳業等一大批龍頭企業開展深度合作，足跡遍布全國各地，產生了顯著的經濟和社會效益。