南京農業大學動物醫學院的前身為1921年創立的東南大學畜牧獸醫系，是我國最早成立的畜牧獸醫系之一。1927年改名為中央大學畜牧獸醫系， 1952年全國院系調整時組建南京農學院畜牧獸醫系。1984年，更名南京農業大學，分設獸醫系和畜牧系；1994年，經農業部批準，在南京農業大學獸醫系的基礎上成立動物醫學院。

　　動物醫學院學科實力居國內一流，享有較高的國際聲譽。曾為國務院學位委員會獸醫學科評議組召集人任職單位，現為全國獸醫專業學位教育指導委員會秘書處掛靠單位和副主任委員任職單位。1995年設獸醫學博士后流動站，1998年獲獸醫學一級學科博士學位和碩士學位授予權，1999年獲獸醫博士專業學位和獸醫碩士專業學位學位授予權。 擁有農業部動物細菌學重點實驗室、農業部動物生理生化重點實驗室、豬鏈球菌OIE參考實驗室、現代化的動物實驗中心等科研平臺。2007年獸醫學一級學科評為國家重點學科，2010年被評為江蘇省優勢學科。

　　學院設有基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學?；A獸醫學系設有動物解剖學、動物組織胚胎學、動物生理學、動物生物化學、獸醫藥理學和獸醫病理學等學科組；預防獸醫學系設有微生物學與免疫學、傳染病學和寄生蟲學等學科組；臨床獸醫學系設有獸醫內科學、獸醫外產科學、中獸醫學等學科組。學院現有家畜生理研究室、獸醫寄生蟲病研究室、魚病魚藥研究室、畜禽營養與代謝病研究室、中獸醫學研究室、小動物疾病研究室、畜禽疫苗工程中心、獸藥創制中心、獸藥殘留檢測中心、畜禽疾病檢測中心等研究機構。學院現有動物醫院、動物實驗中心等附屬教學科研基地。主辦有創刊于1935年的學術期刊《畜牧與獸醫》。

　　學院現有教職員工120人，其中正高職稱41人，副高職稱32人（含副教授22人、副研究員1人、高級獸醫師3人、副編審2人），中級職稱24人。專職教師中90%以上具有博士學位，其中博士生指導教師35名，碩士生指導教師27名。教師中入選各類國家和部省級人才50余人次；擁有3個農業部科研創新團隊。

　　動物醫學院承擔了國家“973”計劃、國家重點研發專項、國家轉基因重大專項、公益性行業科技專項、國家自然科學基金等國家及部省級科研項目。“十二五”以來的年度研發經費超5000萬元，年均SCI收錄刊物發表150篇左右。豬圓環病毒滅活疫苗、豬藍耳病弱毒疫苗分別獲國家二、三類新獸藥證書并成功實施轉化，轉讓經費超5000萬元。 “豬鏈球菌病研究及防控技術”獲2007年度國家科技進步二等獎。

　　人才培養方面， 90多年來，學院為國家培養了5000多名本科生和研究生，其中有許多已成為國內外著名的科學家、實業家和行業管理者。目前動物醫學院有本科生875人；在讀全日制博士生154人（含留學研究生33人）、全日制碩士生446人（含留學生3人）；非全日制獸醫專業學位博士生52人、碩士生100人。為了獎勵德、智、體全面發展的優秀本科生、研究生，除國家和校級各項獎學金外，學院設立了“羅清生獎學金”、 “勃林格殷格翰獎學金”、“上海海利獎學金”、“恒豐強獎學金”、 “浙江諾倍威獎學金”、“輝瑞普強獎學金”、 “南農高科獎學金”、“仕必得獎學金”、“禾豐獎學金”、“上海農場獎學金”、“臺灣信元獎學金”、 “武漢回盛獎學金”等近二十項獎學金。

　　學院國際學術交流與國際化辦學日趨活躍，近5年來，我院教師先后有近100人次到國外進修、攻讀博士學位、考察、合作科研。與美國、日本、加拿大、丹麥、澳大利亞、英國、西班牙等國的有關學校、研究機構建立了合作關系，與德國漢諾威獸醫學院建立了校際關系。從2013年開始與加州大學戴維斯分校獸醫學院在中國南京聯合開辦了國際高端獸醫繼續教育課程。此外，學院每年吸納大量留學生前來學習深造，先后舉辦了近20期國際獸醫針灸與中藥培訓班。