水文水資源學院前身為1952年建立的華東水利學院水文系；1984年更名為水資源水文系；1995年，學校內部機構調整，水資源水文系和環境科學與工程學院合并，成立水文水資源及環境學院；2002年，調整為水資源環境學院；2007年更名為水文水資源學院。

　　1952年著名水文學家劉光文教授等創建新中國第一個水文系，1954年，創建我國第一個陸地水文本科專業，并于1955年開始招收研究生，是我國第一批培養研究生的學科點。1981年首批獲得學士、碩士和博士學位授予權。1988年水文學及水資源學科被評為國家重點學科（該學科全國唯一），2002和2007年連續兩次又被評為國家重點學科。1993年建成水資源開發利用國家專業實驗室，2001年，獲批設立水資源開發教育部重點實驗室，2004年獲批為水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室。2005年獲批建設水資源高效利用與工程安全國家工程研究中心。1996、2002和2008年水文學及水資源學科分別列入“九五”、“十五”和“十一五”國家“211工程”重點學科建設項目。2008年水文學及水資源學科創新引智基地入選教育部、國家外國專家局“高校學校學科創新引智計劃”(111計劃)。2008年經教育部、財政部批準建設“全球水循環與國家水安全”優勢學科創新平臺（俗稱“小985”）。2010/2017：列入江蘇省高校優勢學科創新平臺。2017年，獲批國家“雙一流”建設學科。

　　學院現設有水文與水資源工程系、水務工程系、城市資源環境系和地理信息科學系；水文預報研究所、工程水文及水文氣象研究所、水資源研究所、水文水利自動化研究所、城市水務工程研究所、水生態環境研究所、干旱研究所、地理信息科學與工程研究所、中德水資源研究所；全球變化與水循環研究中心、平原河流與湖泊水文研究中心；河海大學水問題研究所和國際河流研究所；水文水資源實驗中心等等。1997年，聯合國教科文組織通過專門議案，在我校設立UNESCO國際水文水資源及環境培訓與研究中心。

　　學院現有教職工155人，其中正高48名，副高70名；博士生導師名44，碩士生導師72名；教師隊伍中國家人才計劃8人，科技部中青年科技創新領軍人才1人，中科院百人計劃1人，教育部新世紀優秀人才計劃3人，省級教學名師4人，教育部“長江學者”創新團隊1支，江蘇省“雙創計劃”團隊1支，江蘇省人才計劃37人，雙聘院士5名，特聘院士1名。學院擁有水利學科博士后流動站；3個博士學位授權點：水文學及水資源、城市水務、生態水利學；6個碩士學位授權點：水文學及水資源、城市水務、生態水利學、地圖學與地理信息系統、自然地理學、人文地理學，并招收水利工程碩士學位研究生；設有水文與水資源工程、水務工程、自然地理與資源環境、地理信息系統4個本科專業。學院建設的《工程水文學》《水文統計》《水資源與現代水利》《水利類專業導論》《走近地下水》等獲得國家精品開放課程稱號，《水信息采集與處理》《地下水水文學》被評為國家雙語教學示范課程，擁有國家級水利工程實驗教學示范中心等國家本科教學實踐平臺。畢業生遍布全國各地，在業內發揮重要作用，深受社會歡迎。

　　2010以來主持或承擔了包括國家重點研發計劃、國家科技重大專項、國家自然科學基金重大與重點項目和直接服務于國民經濟建設的科研項目1682項，7.57億元，發表論文3300余篇，其中SCI論文788篇，出版著作42部，授權發明專利115件，獲國家科技獎4項，部省級獎59 項。

　　    多年來，學院一直秉承“繼承與發展”的方針，注重學術積累，已逐步形成覆蓋水文、水資源、水環境及3S技術應用領域比較穩定的研究方向，有一支理論基礎深厚、實踐經驗豐富老、中、青相結合的學術帶頭人和學術骨干隊伍，并與國內外水文水資源領域著名的學術機構建立了良好的合作關系。學院緊密跟蹤與引導學科發展趨勢，積極參與解決國民經濟建設中的重大水文水資源及環境問題，總體上居國際先進水平。