為滿足中國民航事業(yè)快速發(fā)展對民航高素質管理人才和科技人才的需求，1993年，原中國民航總局和中國航空工業(yè)總公司聯合創(chuàng)建成立民航學院；2002年，為適應民航事業(yè)對飛行人才的需求，學校成立飛行學院；2012年工業(yè)和信息化部、中國民用航空局共建南京航空航天大學民航特色學科專業(yè)。

　　學院實行董事會管理機制，董事會由中國民航局空管局、7大地區(qū)管理局、7大地區(qū)空管局、機場集團、航空公司以及民航研究所等30家民航企事業(yè)單位組成。學院下設空中交通系、交通運輸系、民航工程系、飛行技術系、土木與機場工程系。

　　學院堅持人才強院，實行引培并舉，著力打造一支素質過硬、結構優(yōu)良的師資隊伍。現有專任教師131人，其中教授27人，副教授57人，博士生導師23人。國務院學位委員會學科評議組成員2人，教育部新世紀優(yōu)秀人才支持計劃1人，中科院百人計劃1人，國務院、中央軍委空管委專家組成員2人，交通運輸部專家組成員2人，民航局特聘專家2人，國家空管委空域評估特聘專家2人。江蘇省“優(yōu)青”1人，省部級優(yōu)秀教師4人，入選江蘇省“333”工程6人次，入選江蘇省“六大人才高峰”4人，入選江蘇省“青藍工程”學術帶頭人及優(yōu)秀青年骨干教師等10人次，入選民航局科技創(chuàng)新拔尖人才6人次；獲批民航科技重點領域創(chuàng)新團隊2個；獲批江蘇省“六大人才高峰創(chuàng)新團隊”1個。此外，學院注重外籍高層次人才的引聘，現有美國工程院院士1人、英國皇家工程院院士1人，國家外專千人計劃1人，國家外專高端計劃2人，江蘇省外專百人計劃3人，交通運輸領域的海外知名高校教授10人，外籍教師3人。

　　學院現有江蘇省重點學科-交通運輸工程一級博士點學科1個，土木工程一級碩士點學科1個，包括交通信息工程及控制、交通運輸規(guī)劃與管理、載運工具運用工程、道路與鐵道工程、適航技術與管理等5個二級博士點學科和結構工程、巖土工程、防災減災工程及防護工程、橋梁與隧道工程等4個二級碩士點學科；交通運輸工程博士后流動站1個、載運工具運用工程國防重點學科1個、航空器適航技術國防特色學科1個、適航技術與管理國防緊缺專業(yè)1個；交通運輸工程、航空工程、AMBA以及建筑與土木工程專業(yè)碩士學位授權點4個；設有交通運輸、飛行技術、飛行器適航技術以及土木工程4個本科大類專業(yè)。交通運輸和土木工程專業(yè)為國家一流專業(yè)。目前共有在讀全日制本科生3428人，在讀研究生564人。

　　學院建有國家空管飛行流量管理技術重點實驗室、民航飛機健康監(jiān)測與智能維護重點實驗室、民航局機務維修工程科研基地、民航協(xié)同空管技術與應用重點實驗室、江蘇省工程技術中心、民航工程中心、工信部空管育人示范基地等省部級科研和教學平臺近10個。“十二五”以來，學院承擔973、863、國家科技支撐計劃、國家自然科學基金等國家級項目/課題/子課題80余項、省部級科技項目70余項、民航類科技服務項目800余項；獲國家科技進步二等獎1項、省部級科技進步一等獎5項/二等獎11項/三等獎4項；獲授權發(fā)明專利120余項；在國內外期刊發(fā)表論文1700余篇，其中SCI、EI、CPCI收錄1000 余篇，出版著作59部。

　　   經過20多年的發(fā)展，學院已成為中國民航事業(yè)重要的人才培養(yǎng)及科學研究基地，建成了學士、碩士、博士完備的民航人才培養(yǎng)體系和交通運輸工程學科體系，在一流學科建設、科技創(chuàng)新、社會服務等方面走出了一條教育、科技、體制協(xié)同創(chuàng)新發(fā)展的特色之路。