上海海事大學交通運輸學院是全國高校最早創(chuàng)建交通運輸類專業(yè)的學院之一，開創(chuàng)了新中國航運管理人才培養(yǎng)的先河。學院前身是建于1950年的大連海運學院海運管理系和建于1952年的武漢水運工程學院的航運系。1962年和1963年經(jīng)交通部專業(yè)調(diào)整，大連海運學院、武漢水運工程學院兩院的水運管理專業(yè)整體調(diào)入上海， 組建成上海海運學院水運管理系，時為國內(nèi)唯一的航運管理類專業(yè)。

　　學院現(xiàn)擁有交通運輸規(guī)劃與管理博士學位授予權(quán)，交通運輸工程、交通運輸規(guī)劃與管理2個碩士點，國際航運與物流、物流工程與管理2個中外合作研究生培養(yǎng)項目，交通運輸、航運管理、物流管理、交通工程4個本科專業(yè)。交通管理(航運管理)、物流管理專業(yè)為國家級特色專業(yè)，交通運輸類專業(yè)為國家重點(培育)學科。 2008年交通運輸規(guī)劃與管理成為上海市重點學科 。2018年10月26日，被教育部遴選為首批"三全育人"綜合改革試點院(系)之一。