上海海事大學交通運輸學院是全國高校最早創建交通運輸類專業的學院之一，開創了新中國航運管理人才培養的先河。學院前身是建于1950年的大連海運學院海運管理系和建于1952年的武漢水運工程學院的航運系。1962年和1963年經交通部專業調整，大連海運學院、武漢水運工程學院兩院的水運管理專業整體調入上海， 組建成上海海運學院水運管理系，時為國內唯一的航運管理類專業。

　　學院現擁有交通運輸規劃與管理博士學位授予權，交通運輸工程、交通運輸規劃與管理2個碩士點，國際航運與物流、物流工程與管理2個中外合作研究生培養項目，交通運輸、航運管理、物流管理、交通工程4個本科專業。交通管理(航運管理)、物流管理專業為國家級特色專業，交通運輸類專業為國家重點(培育)學科。 2008年交通運輸規劃與管理成為上海市重點學科 。2018年10月26日，被教育部遴選為首批"三全育人"綜合改革試點院(系)之一。