商船學(xué)院成立于1995年4月，現(xiàn)設(shè)有航海技術(shù)系、輪機(jī)工程系、國家級實驗教學(xué)示范中心、國家級虛擬仿真實驗教學(xué)中心、航運仿真技術(shù)教育部工程研究中心、上海海事司法鑒定中心、航?？茖W(xué)研究所、中法聯(lián)合伽利略系統(tǒng)與海上安全智能交通研究所、上海海事大學(xué)國際海事研究中心、上海海事大學(xué)-挪威船級社國際合作中心、上海海事大學(xué)海洋環(huán)境風(fēng)險研究與評估中心、船舶控制工程研究所、中華人民共和國海事調(diào)查實驗室等，學(xué)院設(shè)有院辦公室、學(xué)生工作部、資料室等機(jī)構(gòu)。有載運工具運用工程、交通信息工程及控制、船舶與海洋工程3個博士點;船舶與海洋工程、動力工程及熱物理2個一級學(xué)科碩士點，載運工具運用工程、輪機(jī)工程、交通信息工程及控制、制冷與低溫工程等7個二級學(xué)科碩士點，船舶與海洋工程、交通運輸工程2個工程碩士點;航海技術(shù)、輪機(jī)工程、船舶電子電氣工程、能源與動力工程等4個本科專業(yè)。其中，航海技術(shù)和輪機(jī)工程為國家級特色專業(yè)建設(shè)點和上海市本科教育高地。同時，載運工具運用工程為上海市重點學(xué)科，輪機(jī)工程為上海市教委重點學(xué)科。