商船學院成立于1995年4月，現設有航海技術系、輪機工程系、國家級實驗教學示范中心、國家級虛擬仿真實驗教學中心、航運仿真技術教育部工程研究中心、上海海事司法鑒定中心、航海科學研究所、中法聯合伽利略系統與海上安全智能交通研究所、上海海事大學國際海事研究中心、上海海事大學-挪威船級社國際合作中心、上海海事大學海洋環境風險研究與評估中心、船舶控制工程研究所、中華人民共和國海事調查實驗室等，學院設有院辦公室、學生工作部、資料室等機構。有載運工具運用工程、交通信息工程及控制、船舶與海洋工程3個博士點;船舶與海洋工程、動力工程及熱物理2個一級學科碩士點，載運工具運用工程、輪機工程、交通信息工程及控制、制冷與低溫工程等7個二級學科碩士點，船舶與海洋工程、交通運輸工程2個工程碩士點;航海技術、輪機工程、船舶電子電氣工程、能源與動力工程等4個本科專業。其中，航海技術和輪機工程為國家級特色專業建設點和上海市本科教育高地。同時，載運工具運用工程為上海市重點學科，輪機工程為上海市教委重點學科。